De eendenkooi van Merkem heeft een historische waarde als getuige van een bijzondere jachttechniek op waterwild (zogenaamd vangbedrijf) zoals die vanaf de middeleeuwen werd toegepast. Er zijn sterke aanwijzingen dat het ontstaan van eendenkooien in Vlaanderen moet gesitueerd worden. De oudste vermelding van de eendenkooi van Merkem gaat terug tot 1591, maar de oorsprong van de constructie kan veel ouder zijn en opklimmen tot de middeleeuwen vermits de constructie als leengoed bekend is. Bovendien was het omliggende landschap, als uitgeveend graslandgebied, al vanaf de 12de - 13de eeuw een zeer geschikt pleistergebied voor watervogels. De eendenkooi is onafgebroken verbonden aan het kasteel van Merkem, waarvan de geschiedenis minstens teruggaat tot de vroege 12de eeuw. De heren van Merkem konden zich hiervoor beroepen op het feodale jachtrecht. De eendenkooi wordt voor het eerst duidelijk weergegeven op een 17de-eeuwse handgemaakte kaart, gesitueerd tussen 1672 en 1696. Hierop is ook een groot bouwvolume voorgesteld waarover geen nadere gegevens bekend zijn.
De eendenkooi van Merkern is meerdere malen heringericht, onder meer in opdracht van de Baron Pierre de Coninck de Merckem (1882-1963) in 1919, na de grondige vernieling tijdens de Eerste Wereldoorlog, toen de eendenkooi in het inundatiegebied van de Belgisch - Duitse frontsector lag. In het kooibos was minstens één mitrailleurpostje aanwezig, als vooruitgeschoven onderdeel van een Duitse verdedigingslinie tussen de gehuchten Luigem en Vijfhuizen. Een laatste grote herinrichting, in opdracht van de adellijke familie de Coninck de Merckem en de aanverwante familie van Caloen, dateert van 1959.
De eendenkooi werd als vangstinstallatie geëxploiteerd door de adellijke eigenaars, via hun rentmeesters of via een zogenaamde kooibaas. Hiervoor werd een vaste kooiman in dienst genomen. Er is aangetoond dat er familiebanden waren tussen de kooimannen van de eendenkooi van Merkem en deze van de nabijgelegen eendenkooi van De Blankaart in Woumen. De initiële functie van de eendenkooi voorzag in afzet van wild (eendenbout, eendenborst, mogelijk ook pastei), deels voor eigen consumptie maar ook voor afzet, onder meer in Roeselare.

De eendenkooi van Merkem heeft een technische waarde omwille van de inrichting volgens het algemeen bekende rogge-ei-type. Uit mondelinge overlevering is bekend dat bij de heraanleg van de constructie in 1959, door eigenaar Baron Pierre de Coninck de Merckem, inspiratie werd opgedaan in de eendenkooien van Meetkerke, Bornem en twee andere, niet nader bekende constructies in Nederland. Met name de vormgelijkenissen tussen de eendenkooi van Merkem en deze van Meetkerke zijn treffend.
De bewaarde inrichting is uitgerust met vier vangpijpen met gekromd vangfuiknet. Dit vangpijptype, ten onrechte vaak als het oud-Hollandse type voorgesteld, vormt een Vlaams prototype en stond garant voor een ruimere verspreiding in de ons omringende landen. Op basis van zichtbare reliëfsporen op digitale luchtbeelden is ook een relict van een vroegere vangpijp of van een toevoersloot bekend, waardoor verondersteld wordt dat de eendenkooi voor 1919 of voor 1959 een andere inrichting kende. Alle beschikbare iconografische bronnen voor 1965 wijzen ook in die richting. Het uitzicht van deze vangpijp of van een eventuele andere is gedocumenteerd door enkele uitzonderlijke fotografische opnamen genomen tussen 1890 en 1907.
Alle toebehoren waarmee een eendenkooi in 1959 als bijzondere vangstinstallatie werd ingericht, waaronder vangpijpen met ijzeren beugels overspannen door kippengaas, steunconstructies van de vroegere rietschermen uit gerecupereerde spoorstaven en betonijzer en plaatselijk ook met gerecupereerde houten spoorwegdwarsliggers, vormen één geheel en zijn hier nog als relict afleesbaar. Om de oeverzones van de kooiplas en van de vangpijpen te versterken werden toen ook betonnen oeververdedigingen aangebracht. In het kooibos komt nog een relictpopulatie voor van Canadese kornoelje, die origineel als vlecht- en bindmateriaal dienst deed om de eendenkooi met houten vangpijpen op te bouwen en te onderhouden. De plaatselijke heesterbeplanting van sneeuwbes langs delen van het kooipad en op de verhoogde bermen langs de kooiplas verschafte extra beschutting langs de loopschermen.
Als belangrijke secundaire uitrusting is nabij de zuidoostelijke vangpijp ook een bakstenen kooihuisje bewaard. Het vervangt een voorgaand exemplaar dat deels uit riet was opgebouwd. Het oorspronkelijk door een houten deur afgesloten kooihuisje is voorzien van een bak om lokvoeder te bewaren en twee loervenstertjes. Er zijn ook bakstenen steunen aanwezig waarop oorspronkelijk een rustplank was gemonteerd. Op de muren en aan het plafond van het kooihuisje zijn ijzeren rekken en haken gemonteerd, bedoeld om vangfuiknetten op te hangen en te laten drogen. Rond het kooibos en langs de vangpijpen lopen er vervaagde tracés van iets verhoogde kooipaden. Langs de kooiplas liggen ook verbrede bermen waarop eenden konden rusten. Een haak om de rietschermen aan te binden en eendenlokfluitje voor de organisatie van de jacht zijn bewaard gebleven. De inplanting van de eendenkooi werd bepaald door de ligging binnen de brede, overstroombare IJzervlakte waarbinnen een traditioneel hooilandbeheer werd gevoerd. Dit grote waterrijke gebied was daardoor een aantrekkelijk pleistergebied voor watervogels, noodzakelijk voor een succesvolle eendenvangst. Het omgrachte kooibos, met daarin fragmenten van hakhout met overstaanders, respectievelijk in de struiklaag en opperhoutlaag is nog goed herkenbaar. Via een noordelijke gracht werd een vaarverbinding gemaakt met het Koevaartje om de eendenkooi met een bootje te bereiken.

Bij de aanleg van de eendenkooi speelde grondbezit en vermogen een belangrijke rol. De eendenkooi van Merkem benadrukte de status van de achtereenvolgende Heren van Merkem, waaronder de familie de Merode in de 18de eeuw en de familie de Coninck de Merckem in de 19de en 20ste eeuw. De eendenkooi zorgde ervoor dat men op het kasteel van smaakvol vlees was verzekerd. De exploitatie van de eendenkooi was onderdeel van het omvattende beheer van het adellijke domein en behoorde toe aan rentmeesters. Het toezicht op de eendenkooi werd toevertrouwd aan zogenaamde kooibazen of aan jachtopzichters.
Zeker sinds de 19de eeuw, maar vermoedelijk reeds veel eerder hadden de kasteelheren een vaste kooiman in dienst. De oudst bekende kooiman in Merkern is een zekere Louis Leeman. Hij werd opgevolgd door Amandus Decap (1837-1916), wiens echtgenote, Rosalie Dekeirel (1845-1940), de enige bekende kooivrouw is in Vlaanderen. Zij werden in hun functie opgevolgd door hun zoon René Decap (1875-1931). Het uitzonderlijke landelijke beroep van kooiman werd in stilte en eenzaamheid en vaak 's nachts op en rond de eendenkooi uitgeoefend. De laatste kooiman van de eendenkooi van Merkern was Gerard Van Peperstraete, die het vak leerde van zijn vader Arsène Van Peperstraete. Zijn schoonzoon Ivan Desot is de laatste hulp-kooiman in Vlaanderen. Het solitaire beroep of bijberoep werd steevast als geheimzinnig omschreven waardoor het een memorabele volkskundige achtergrond kende. Uit bronnenstudie is bekend dat het gebruik van een rosse kooihond en van een fluitje om eenden te lokken in de eendenkooi van Merkern werd toegepast.

De eendenkooi van Merkern bezit een courante aanleg met een min of meer rechthoekige omgrachte kooiplas met vier vangpijpen, omgeven door een kooibos met een variatie van opgaande bomen en een struiklaag. Het kooibos is omgeven door vanuit de IJzer overstroombare graslanden. Deze open vlakte van voornamelijk hooilanden zonder perceelsrandbegroeiing zorgt ervoor dat het kooibos een sterk ruimtelijk-structurerend element is in de brede IJzervallei.

De eendenkooi van Merkern is, na verlies van de oorspronkelijke jachtfunctie, verder ontwikkeld tot een bijzonder biotoop voor broedende en pleisterende watervogels. Het kooibos groeide uit tot broedkolonie van blauwe reigers en aalscholvers. De begroeiing van het kooibos, bestaande uit een begreppeld alluviaal bos biedt een afwisselend biotoop voor houtachtige en kruidachtige planten. Het spectrum aan soorten en variëteiten uit het genus Populus (populier) bestaat uit specifieke en karakteristieke cultuurvariëteiten. Het gebruik van de eendenkooi van Merkern als vogelringplaats vanaf omstreeks 1960, door mede-eigenaar Baron Roger van Caloen (1912-1985), geeft uitdrukking aan een aanvullende wetenschappelijke waarde. Het inschakelen van deze liefhebberij was een aanvulling bij de jachtfunctie maar betekende ook een motivatie tot behoud van de vangstinstallatie. In deze eendenkooi werden aanzienlijke aantallen watervogels gelokt, geringd, vrijgelaten en eventueel terug gevangen, met het oog op ornithologisch onderzoek naar aspecten van onder meer verspreiding, levensduur en migratie van soorten. Dit onderzoek gebeurde hier tijdelijk vanuit een onderling samenwerkingsverband tussen de private eigenaar en Tringa, een vogelringgroep rond Paul Houwen (1933-1991), voormalig conservator in het nabijgelegen natuurreservaat De Blankaart. Van de geringde eenden zijn talrijke terugmeldingen bekend, onder meer uit Noord-Europese landen en uit Aziatisch Rusland.