Het gebied van de IJzermonding te Nieuwpoort werd beschermd als landschap bij koninklijk besluit van 16 oktober 1981. De IJzermonding met ruimere omgeving werd later beschermd als landschap bij ministerieel besluit van 1 juni 1994.

De Koninklijke Commissie voor Monumenten en Landschappen bracht een advies uit waarbij de wetenschappelijke waarde van de IJzermonding als volgt werd gemotiveerd:

geologisch en geomorfologisch: de verschillende stadia van het sedimentatieproces kunnen er waargenomen worden, alsook erosieverschijnselen;

de grote biodiversiteit aan biotopen met hun kenmerkende vegetatie: slikke, met onder andere Spartina towsendii (Engels slijkgras), Salicornia stricta (zeekraal), Spergularia media (gerande schijnspurrie), Aster tripolium (zulte); lage schorre, met onder andere Puccinellia maritima (gewoon kweldergras), Plantago maritima (zeeweegbree), Limonium vulgare (lamsoor), Halmione portucaloides (gewone zoutmelde); hoge schorre, met onder andere Agropyron pumgens (strandkweek), Glaux maritima (zeealsem), Festuca rubra (rood zwenkgras); het vloedmerk, Atriplex littoralis (rood zwenkgras), Atriplex hastate (spiesbladige melde), Matricaria maritima subsp. inodora (reukloze kamille), Cakile maritima (zeeraket), Sonchus asper (ruwe melkdistel), Beta vulgaris subsp. maritima (strandbiet).

ornithologisch: het voorkomen van een groot aantal waadvogels, onder meer de scholekster, bontbekplevier, strandplevier, tureluur, bonte strandloper, zilverplevier, steenloper, wulp, drieteenstrandloper en rosse grutto.