De bescherming als monument betreft het neerhof van de commanderij van Bernissem, met uitzondering van de stallingen onder het lessenaarsdak tegen de noordwestmuur van de schuur. Ook het poortgebouw en de kapel zijn als monument beschermd. De commanderij is met haar omgeving als dorpsgezicht beschermd.

Het beschermingsdossier motiveert de historische en artistieke waarde van de resterende gebouwen van de commanderij te Bernissem zijnde neerhof, kapel en poortgebouw, als volgt:
"om reden van hun historische waarde als deel uitmakend van de voormalige Commanderij van de Duitse Orde, afhangend van de Hoofdcommanderij van Alden-Biesen, waarschijnlijk gesticht vóór 1254."
"omwille van de artistieke, in casu architectonische waarde als gebouwen in classicistische stijl, daterend uit de eerste helft van de 18de eeuw."