Het kruien van een bovenkruier onderging een hele evolutie. Oorspronkelijk was de draaibare kap van een bovenkruier een zetelkap, waarbij een met de kap meedraaiende berrie door middel van ringen op een aan de molenromp vastgemaakte zetel draaide. De Stenen windmolen Ter Rijst is een zeldzaam voorbeeld van een bewaard archaïsch, typisch Vlaams zetelkruiwerk dat destijds heel representatief was, maar dat bij de meeste molens in de loop der tijden vervangen werd door een meer modern kruisysteem.

De industrieel-archeologische waarde wordt toegekend aan gebouwen waarvan de structuur specifiek is gericht op een bepaald productieproces. Dit is in het bijzonder het geval bij windmolens die in hun geheel beschouwd kunnen worden als machine. Uit het onderzoek van de windmolens in Vlaanderen blijkt dat de stenen molen Ter Rijst een heel herkenbaar, representatief en vroeg voorbeeld is van een grondzeiler, een windmolentype dat – vooral tijdens de 19de eeuw – veel toegepast werd in Vlaanderen en waarvan historisch 131 exemplaren bekend zijn, vooral in Oost- en West Vlaanderen. Vandaag zijn er in Vlaanderen nog 59 grondzeilers bewaard waarvan de stenen molen Ter Rijst één van slechts twaalf windmaalvaardige is. Het windmolenerfgoed in Vlaanderen wordt – in tegenstelling tot bijvoorbeeld dat van Nederland – gekenmerkt door een rijke schakering aan regionale kenmerken. Ook de stenen molen Ter Rijst vertoont dergelijke regionale kenmerken zoals de kleine vensters, de vrij unieke zetelkap die verwantschap toont met de Zuid-Oost-Vlaamse ajuinen- of Saracenerkap (maar dan platter en zonder overstekende dakkapel boven de staart), het typisch Vlaams zetelkruiwerk en de mogelijkheid tot verhoging van daklijsten met spieën.

In de stenen molen Ter Rijst is het historische productieproces van het malen van graan nog integraal en herkenbaar aanwezig, zowel wat het staande als het gaande werk betreft. De aanwezigheid van de complete installaties en de uitrusting vormt een meerwaarde. In verval geraakt na de Tweede Wereldoorlog, werd de molen vanaf eind jaren zeventig volgens de regels van de kunst windmaalvaardig gerestaureerd, waarbij relatief veel eeuwenoude molenonderdelen konden gerecupereerd worden. Ook de resten van de voormalige oliemolen (de kollergang) dragen bij tot deze waarde.

De stenen Molen Ter Rijst is windmaalvaardig en dit wordt ondersteund door de omgeving die, met name aan de zuidwestzijde, nog heel open is en voldoende windvang garandeert. Daarom omvat de bescherming een overgangszone.

Als graan- en (voormalige) oliemolen illustreert de Stenen molen Ter Rijst de belangrijke economische rol die windmolens speelden van de late 12de eeuw tot en met het interbellum.

De molen is bovendien een representatief en heel vroeg voorbeeld van de vrije molens die vanaf eind 18de eeuw massaal werden opgericht. Molens waren tijdens het ancien regime gekoppeld aan een feodaal recht, zoals de gelijknamige houten molen Ter Rijst in Herzele (Sint-Antelinks), waarvan de molenaar in 1794 de stenen molen Ter Rijst oprichtte. De molen van Sint-Antelinks was eigendom van de Norbertijnerabdij en zou verkocht worden als zwart goed. De molenaar wenste echter geen zwart goed te verwerven en opteerde daarom voor de nieuwe mogelijkheid om zelf een molen op te richten. Aan het molenbansysteem kwam een einde met de Franse wet van maart 1790, die bij de inlijving van de Nederlanden bij Frankrijk in 1795 ook in Vlaanderen van toepassing werd. Typisch voor deze nieuwe windmolens is dat ze opgetrokken werden op vrij gemakkelijk bereikbare plaatsen, langs steenwegen en op kruispunten. Ook bij de stenen molen Ter Rijst is dit het geval.

De molen bevat nog relatief veel eeuwenoude molenonderdelen, die als tastbare kapstokken het immateriële verhaal ondersteunen.Bij heel wat maalvaardige windmolens werd het houten binnenwerk bij restauratie volledig vervangen. Bij de Stenen windmolen Ter Rijst behield men onder andere de vaste en losse berrie, de bovenlantaarn, de moerbalken, de lantaarns van de drie steenkoppels, de vangsabel, de luias en het westelijk steenkoppel.