Van der Haegen die de molen in 1922-1923 op de huidige locatie liet heropbouwen, voerde tijdens het tweede kwart van de twintigste eeuw heel wat aanpassingen uit die bijdragen tot de technische waarde. In het interbellum, toen het windmalen steeds sterker leed onder de concurrentie van het motormalen, werden allerlei wiekenverbeteringssystemen ontwikkeld om de luchtweerstand bij het draaien te verminderen. Voor een veel voorkomende aanpassing werd gezorgd door Chris Van Bussel, waarbij enkel het voorhek en de roede werden bekleed; daarom vaak als halve verdekkering benoemd. Een andere belangrijke technische verbetering is de uitrusting van het lichtwerk met een bollenregulator, die bij veranderlijke wind automatisch de gewenste afstand tussen de twee molenstenen regelt.

Andere technische aanpassingen waren meer experimenteel. De belangrijkste voorbeelden hiervan zijn de horizontale kruilier in gietijzer, de keerrol die diende om het overhellen van de kast tegen te gaan en de metalen pin in de staak die moest voorkomen dat de molen verzakte.

De oude houten molenonderdelen die bewaard worden op het molenperceel kunnen bijdragen tot wetenschappelijke kennis, bijvoorbeeld door middel van dendrochronologisch onderzoek;

De industrieel-archeologische waarde wordt toegekend aan gebouwen waarvan de structuur specifiek is gericht op een bepaald productieproces. Dit is in het bijzonder het geval bij windmolens die in hun geheel beschouwd kunnen worden als machine. Uit het onderzoek van de windmolens in Vlaanderen blijkt dat de Kruiskoutermolen een herkenbaar voorbeeld is van een staak- of standaardmolen. Standaardmolens zijn historisch het meest voorkomende type windmolen in Vlaanderen (2639 op 3530 gekende windmolens of circa 75%). Anno 2023 is dit type echter heel zeldzaam geworden, mede door de materiële kwetsbaarheid ervan: slechts 87 van de circa 360 bewaarde windmolens in Vlaanderen zijn standaardmolens, minder dan 25% en deze vertegenwoordigen dus slechts 3% van het aantal gekende standaardmolens in Vlaanderen.

Heel wat windmolens hebben zeldzame, vaak plaats- en tijdsgebonden kenmerken die bijdragen tot de industrieel-archeologische waarde. In het geval van de Kruiskoutermolen zijn dit onder andere: de lage teerlingen in combinatie met I-liggers, typisch voor de streek; de indeling met drie in plaats van twee zolders; de uitzonderlijk grote afmetingen van de molenkast; de verbouwing met kombuizen (aan de voorweeg) en een buik (aan de windweeg); de aanwezigheid van drie steenkoppels en drie aswielen; enkele Brabantse kenmerken waaronder de trekbalkverbindingen tussen de hoekstijlen en de stefel- en bovenbalk; de taps uitgevoerde en lange trap, typisch voor Oost-Vlaanderen. De combinatie van deze aspecten maakt deze molen in Vlaanderen uniek en onvervangbaar.

In de Kruiskoutermolen is het historische productieproces van het malen van graan nog integraal en herkenbaar aanwezig, zowel wat het staande als het gaande werk betreft. De aanwezigheid van de complete installatie, de uitrusting en het cultuurgoed vormt een meerwaarde. In onbruik geraakt midden twintigste eeuw werd de molen in 2004-2006 volgens de regels van de kunst windmaalvaardig gerestaureerd. Zeldzaam en waardevol zijn vooral de machinerie en de transmissies die er voor zorgden dat de maalstenen in deze staakmolen volledig mechanisch konden worden aangedreven;

De cultuurgoederen die integrerend deel uitmaken van het monument versterken de industrieel-archeologische waarde ervan.

De Kruiskoutermolen is een representatief voorbeeld van de vele windmolens die Vlaanderen destijds kenmerkten met circa tweeduizend windmolensites midden 19de eeuw. De Kruiskoutermolen heeft ook een lange en bewogen geschiedenis achter de rug, die representatief is voor windmolens. Op zijn oorspronkelijke locatie teruggaand tot de 14de eeuw, werd deze molen nieuw opgebouwd in 1632 en bleef daar doorlopend in gebruik tot 1921. Nadien werd deze molen verplaatst en heropgebouwd in Erpe-Mere, mogelijk ter vervanging van de Kapellemolen die tijdens de Eerste Wereldoorlog vernield werd en die zich een 500 meter ten noordwesten bevond. De daaropvolgende kwarteeuw werden allerlei aanpassingen uitgevoerd (verbusseling, elektromotoren,…) om de molen concurrentieel te houden. Dit illustreert dat windmolens tot ver in de twintigste eeuw een actuele betekenis hadden. Deze lange geschiedenis vertaalt zich in zowel heel archaïsche kenmerken – zo zijn de moerstijlen enkel uitgevoerd wat typisch was tot midden 18de eeuw – als meer recente elementen (uit de eerste helft van de 20ste eeuw) zoals de verbusseling van de wieken en de sporen van elektrische aandrijving.

De molen bevat nog heel wat oude molenonderdelen, die als tastbare kapstokken het immateriële verhaal ondersteunen met verwijzingen naar voormalige molenaars, moleneigenaars, molenbouwers en bouwfasen. Zo verwijst de inscriptie op de ijzerbalk (“Doet eLCk U VVerCk, Ik 't Myn --- JD baCker VVoU My aLsoo steLLen”) naar de molenaar J. De Backer en het jaartal 1766, toen deze ijzerbalk geplaatst werd;