Als windgraanmolen illustreert de Hubertmolen de belangrijke economische rol die windmolens speelden van de late 12de eeuw tot en met het interbellum. De molen werd in 1880, ongeveer op de plaats waar vóór 1700 de Blekkaardmolen stond, opgericht door een lid van de molenaarsfamilie Hubert die aan de Vlaamse kust diverse molens, waaronder drie in Bredene, in gebruik had. De windmolen bleef gedurende ruim 50 jaar in werking. Om bij windstilte aan de concurrentie van de mechanische maalderijen het hoofd te bieden werd omstreeks 1914 in de onmiddellijke nabijheid van de molen wel een hulpmaalderij (het zogenaamde ‘maalkotje’) opgetrokken. In 1934 werd het windmalen stopgezet. De steeds sterkere concurrentie van grotere stoom- en motormaalderijen noopte de familie Hubert om de oorspronkelijke hulpmaalderij uit te bouwen tot een volwaardige, elektrisch aangedreven maalderij. Intussen ging ook de toeristische ontwikkeling van Wenduine als badplaats niet voorbij aan de Hubertmolen. De molen werd niet alleen een toeristische attractie, de houten molenkast en de hoge houten voet werden daarbij ook gretig aangewend voor publiciteitsdoeleinden. Tijdens de Tweede Wereldoorlog, meer bepaald in 1942, werd de Hubertmolen in opdracht van de Duitse bezetter ontdaan van zijn wieken om te vermijden dat verzetslieden via de wiekenstand communiceerden. In de jaren 1953-1956 werd de Hubertmolen hersteld.

De industrieel-archeologische waarde van de Hubertmolen ligt in de afleesbaarheid van het historisch productieproces, namelijk het malen van granen voor menselijke en dierlijke consumptie. Het integraal aanwezige staande en gaande molenwerk met inbegrip van een cultuurgoed laat toe om nog steeds het geheel van opeenvolgende handelingen te stellen die gezamenlijk leiden tot de productie van meel.

Tegelijk is de Hubertmolen een voor Vlaanderen zeer zeldzaam type windmolen. De molen is niet alleen een éénzoldermolen maar is ook het nog enige bewaarde voorbeeld in Vlaanderen van een zich uit een standaardmolen en een wipmolen ontwikkeld gemengd molentype. De kleine molenkast met gevlucht en staart draait niet rond een standaard maar op een Engels rollenkruiwerk dat door een schuin naar boven toelopende achtzijdige onderbouw wordt gedragen. In tegenstelling tot het wipmolentype zitten de maalstenen echter in de molenkast. In oorsprong was de molen volledig opgetrokken in hout. Op de molenkast staat een typisch West-Vlaamse geknikte mansardekap die is afgedekt met eiken schaliën. De houten pestelroeden en de houten molenas en houten askop, die uit één geheel bestaan, vormen een belangrijk, zeldzaam geworden gevlucht dat modelmatig teruggaat tot de eerste helft van de 17de eeuw. Merkwaardig is ook de constructie van de windweeg met platliggende stekers die door een diagonaalregel worden verbonden.

De windmaalvaardigheid van de Hubertmolen wordt ondersteund door de omgeving die, met name aan de zuidwestelijke, westelijke en noordelijke zijde, nog relatief open is en voldoende windvang garandeert maar die bedreigd wordt, onder andere door bebouwing en opschietende bomen en struiken. Daarom omvat de bescherming een overgangszone. Een overgangszone wordt dus afgebakend in functie van het vrijwaren van de molenbiotoop die de industrieel-archeologische waarde ondersteunt. De molenbiotoop is de omgeving die van invloed is op het functioneren van de molen als maalwerktuig en deze omgeving wordt in de eerste plaats gekenmerkt door openheid. Bij de Hubertmolen is de omgeving aan de zuidwestelijke, westelijke en noordelijke zijde nog relatief open, maar voor de windvang zijn alle percelen binnen een straal van 100 meter rond de molen van cruciaal belang en kan een zone van 400 meter rond de molen invloed hebben.