Als windgraanmolen illustreert de Kruisstraatmolen de belangrijke economische rol die windmolens van de late 12de eeuw tot en met het interbellum speelden. De ontwikkelingsgeschiedenis van de Kruisstraatmolen illustreert vooral een belangrijke fase in de ontwikkeling van windkracht naar mechanische kracht. Vanaf de late 19de eeuw ondervonden wind- en watermolens meer en meer concurrentie van stoom- en later motormaalderijen. De Eerste Wereldoorlog zorgde echter voor een gebrek aan brandstof, waardoor windkracht op hernieuwde aandacht kon rekenen. In het interbellum werden dan ook verwoede pogingen gedaan om de windkracht te optimaliseren via wiekenverbeteringssystemen. De Kruisstraatmolen in Werken was de eerste windmolen in Vlaanderen die in 1933 werd uitgerust met een Van Bussel-wiekenverbeteringssysteem. In die hoedanigheid van de eerste toepassing van een halve verdekkering werd de windmolen in 1944 beschermd als monument. In de hoop het windmalen nog te verbeteren werd het Van Bussel-gevlucht in 1947 vervangen door Fauël-fokwieken met zelfregelende kleppen, een wiekenverbeteringssysteem dat toen eveneens vooreerst in Vlaanderen werd toegepast. Tijdens de restauratiecampagne van 1955-1956 werden deze wieken vervangen door nieuwe geklinknagelde fokwieken. Sinds 1992 bestaat het gevlucht uit een zogenaamde Vlaams gevlucht van twee geklinknagelde metalen roeden (een binnen- een buitenroede) van 25,20 meter. Door de buitenbedrijfstelling van de molen in 1975 was een optimalisatie van het windmalen niet meer vereist. Bij windstilte lieten echter ook deze wiekenverbeteringssystemen de molenaar in de steek. Daarom werd de open voet van de windmolen ingemetseld en uitgediept om er een hulpmaalderij in onder te brengen. De inmiddels verdwenen uitrusting bestond uit een derde steenkoppel die werd aangedreven door een in nabijgelegen gebouwtje opgestelde Deutz-motor. De overbrenging van de mechanische kracht gebeurde via een nog bewaarde gemetselde gang onder het maaiveld van de molenbelt.

De aanwezigheid van een builmolen in de onderste zolder van de driezoldermolen illustreert de wijze waarop de windmolenaars vanaf de late 19de eeuw inspeelden op de toenemende vraag naar wit tarwebrood. In oorsprong builden de bakkers zelf het meel, maar de concurrentie van de industriële maalderijen dwong de molenaars om deze taak op zich te nemen en daartoe in hun molen een builmolen te installeren.

De industrieel-archeologische waarde van de Kruisstraatmolen ligt in de afleesbaarheid van het historisch productieproces, namelijk het malen van granen voor menselijke en dierlijke consumptie. Het integraal aanwezige staande en gaande molenwerk met inbegrip van een cultuurgoed laat toe om nog steeds het geheel van opeenvolgende handelingen te stellen die gezamenlijk leiden tot de productie van meel.

De Kruisstraatmolen is een heel herkenbaar en representatief voorbeeld van een houten standaardmolen, in dit geval met gesloten voet. Tot in de vroege 19de eeuw waren de meeste windmolens die opgericht werden, houten standaardmolens. Historisch zijn er iets meer dan 2600 houten standaardmolens bekend. Daarvan resten er nu 87. Dit maakt dat houten standaardmolens zeer zeldzaam zijn. Daarenboven is de Kruisstraatmolen, waarvan de molenkast gerecupereerd werd van de Schaeck- of Sneppemolen uit Torhout, één van de zeer weinige bewaarde driezoldermolens in West- en Oost-Vlaanderen. Dit type standaardmolen ontstond door het ontdubbelen van de eerste (of onderste) zolder in een graan- of onderzolder met geringe hoogte (voor de opslag van zakken graan en meel en in dit geval ook de plaatsing van een builmolen) met daarboven de meelzolder.

De Kruisstraatmolen getuigt van een belangrijke technische verbetering. Door het lichtwerk van de steenkoppels telkens met een bollenregulator uit te rusten wordt bij veranderlijke wind de gewenste afstand tussen de loper en ligger automatisch geregeld.

De windmaalvaardigheid van de Kruisstraatmolen wordt ondersteund door de omgeving die, met name aan de zuidwestzijde nog relatief open is en voldoende windvang garandeert. Daarom omvat de bescherming een overgangszone. Een overgangszone wordt dus afgebakend in functie van het vrijwaren van de molenbiotoop die de industrieel-archeologische waarde ondersteunt. De molenbiotoop is de omgeving die van invloed is op het functioneren van de molen als maalwerktuig en deze omgeving wordt in de eerste plaats gekenmerkt door openheid. Bij de Kruisstraatmolen is de omgeving aan de zuidwestzijde nog relatief open. Voor de windvang zijn alle percelen binnen een straal van 100 meter rond de molen van cruciaal belang en kan een zone van 400 meter rond de molen invloed hebben.