De architecturale waarde schuilt in de gedetailleerd uitgewerkte kapel, als een miniatuur bouwwerk, met klassieke sierelementen, opgetrokken in zandsteen, ijzerzandsteen en blauwe hardsteen.

De historische waarde bestaat uit de historische link met de site van Bleydenberg. De kapel werd vermoedelijk opgetrokken door één van de bouwheren van Bleydenberg. De Kapel Drie Linden alsook de kapel van Bleydenberg markeren vandaag een historisch belangrijke plaats in Wilsele-Dorp.

De hedendaagse link tussen de Kapel Drie Linden en Bleydenberg is eveneens belangrijk (beide kapellen bevinden zich ruimtelijk gezien tegenover elkaar en zijn visueel verbonden).

Een kapel omgeven door drie linden is een gekende typologie. Lindebomen zijn de boomsoort bij uitstek waaraan spirituele connotaties werden verbonden waardoor ze vaak werden gebruikt als kapelboom.

Het is momenteel onduidelijk hoe oud de drie lindebomen bij de Kapel Drie Linden zijn, maar ze vormen een duidelijk ensemble met de kapel.