Naast nog bewaarde karakteristieke interieuronderdelen als onder meer de bordestrap in het trappenhuis, de raadzaal en een typerende aula met houten klapbanken van in de hoofdvleugel, onderscheiden de meest representatieve ruimten zich door een bijzonder rijke interieurdecoratie.
Voornamelijk in de presidentswoning met de sierlijke houten bordestrap, de gelijkvloerse salons met fraai wanddecor, meubilair en schouwen, de boven- en zolderverdieping met het Husserl-archief en de nagenoeg intact bewaarde inrichting van de privé-kapel van D. Mercier, waar de geraffineerde decoratie met een rijke polychrome beschildering door O. Algoet en de glasramen, waaronder een uitbeelding van Thomas van Aquino en uitgevoerd door A. Verhaegen, getuigen van een kwalitatief hoogstaand vakmanschap. In de hoofdvleugel getuigen de opmerkelijke houten plafondstructuur en het verfijnde decor in de Kardinaal Mercierzaal van het voornaam karakter van deze imposante ruimte.

historische en historische, in casu architectuurhistorische waarde: opgetrokken in 1893-1894 door architect Joris Helleputte, vormt het Hoger Instituut voor Wijsbegeerte typologisch en architecturaal een bijzonder fraai en tot op het moment van bescherming gaaf bewaard homogeen ensemble. Het omvat een poorttoegang in een bakstenen afsluiting met hekwerk, een presidentswoning en een portierswoning palend aan het Kardinaal Mercierplein, een bibliotheekgebouw verderop en de hoofdvleugel of het eigenlijke 'Sint-Thomasinstituut' achteraan.
De sobere en rationele neogotische vormgeving van de gebouwen is illustratief voor het oeuvre van Helleputte: een 'traditionele' baksteenarchitectuur, horizontaal gearticuleerd door contrasterende muurbanden en lijsten, met decoratieve houten en smeedijzeren beëindigingen, geaccentueerde gevelpartijen en uitgebouwde of hoger opgetrokken volumes. Daarin werd een ouder, mogelijk tot de 16de eeuw opklimmend pand opgenomen, dat een uitgesproken neogotische vormgeving kreeg met decoratieve inbreng van O. Algoet.
Aan de historische totstandkoming van het Instituut en de inspirerende en artistieke betrokkenheid van hoogleraar Armand Thiéry in de verdere uitbouw, herinneren het door Ephrem uitgevoerde bronzen standbeeld van de stichter-president Désiré Mercier en de door Thiéry hier geplaatste gipsen afgietsels van de reliëfs - voorstudies - voor het 'Monument van de Arbeid', dat op naam staat van de gekende beeldhouwer Constant Meunier.
Met zijn gekasseide ingang en stemmige beplante omkadering, waaronder de opvallende Japanse honingboom en treurbeuk, en met zijn relatieve 'beslotenheid' vormt dit nog gaaf bewaard ensemble een sfeervolle enclave in dit voorts dicht bebouwde stadsgedeelte.

in casu historisch-wetenschappelijke waarde: door Désiré Mercier in 1889 opgericht als instelling die, zoals gepropageerd door paus Leo XIII, zich zou toeleggen op de heropleving van de thomistische filosofie, heeft het Hoger Instituut voor Wijsbegeerte zich geprofileerd als een baanbrekend en internationaal gereputeerd neothomistische onderwijs- en onderzoekscentrum. Daarbij werd de confrontatie van de humane met exacte wetenschappen geconcretiseerd in de uitbouw van het eerste Belgische laboratorium voor experimentele psychologie. Later onder meer ook met de organisatie van het Husserl-archief, dat een groot deel van de nalatenschap van de Duitse filosoof en fenomenoloog Edmund Husserl bewaart en de befaamde "Husserliana" uitgeeft. Als dusdanig is het Hoger Instituut voor Wijsbegeerte onlosmakelijk verbonden met niet alleen de ontwikkelingsgeschiedenis en internationale uitstraling van de universiteit van Leuven, maar ook met de evolutie van het wijsgerig wetenschappelijk onderzoek en onderricht in het algemeen, en bezit het dus een belangrijke documentaire waarde.