artistieke, historische in casu architectuurhistorische en sociaal-culturele waarde: De in het stadspanorama beeldbepalende abdij is gelegen in de historische stadskern aan de Vlasmarkt, de vroegere Koornaard, waarvan de driehoekige aanleg mogelijk teruggaat op een Frankische dries. Op deze locatie waren doorheen de eeuwen belangrijke bestuurlijke, handels-, financiële en religieuze instellingen gehuisvest. De benedictijnen van Affligem vestigden zich hier in 1837 in het voormalig kapucijnerklooster ter hoogte van het voormalig Prinsenhof, een van de verblijfplaatsen van de heren van Dendermonde. Deze historische site kent een lange occupatiegeschiedenis met residentieel karakter en evolueerde van een wereldlijk tot religieus 'machtscentrum'.
Het monumentaal abdijcomplex is een uitstekend voorbeeld van harmonieus samengaan van diverse bouwstijlen en -periodes zoals de vooroorlogse neogotische abdijkerk in combinatie met de wederopgebouwde abdijgebouwen, beide gerealiseerd door gerenommeerde architecten.
De gaaf bewaarde neogotische abdijkerk, een driebeukige kruiskerk gewijd aan Sint-Petrus en Sint-Paulus naar ontwerp van de gerenommeerde architect August Van Assche uit 1901-1902 en sinds 1939 verheven tot basiliek, is een stijlzuiver en representatief voorbeeld van de zogenaamde ‘reformed gothic’. Deze architectuurstijl wordt gekenmerkt door het gebruik van de constructieve polychromie, het zichtbaar laten van de kleur en textuur van de diverse gebruikte materialen. De aankleding van de kerk is zeer sober gehouden en wordt bijna volledig verkregen door het kleurig materiaalgebruik van onbewerkte baksteen, natuursteen en blauwe hardsteen afgewisseld met bepleisterde vlakken in contrast met de tegelvloer in zwart en wit marmer met geometrisch patroon. Het stilistisch bijhorend mobilair werd ontworpen door belangrijke en eveneens aan het Sint-Lucasinstituut geschoolde tijdgenoten. Onder meer R. Rooms, A. de Beule, P. Lenssens, A. Sinaeve en G. Ladon en hun ateliers verzorgden respectievelijk de in situ bewaarde altaren, koorgestoelte, kruisweg, biechtstoelen, glasramen en dergelijke. Dezelfde ateliers stonden na de Eerste Wereldoorlog eveneens in voor de restauratie van de beschadigde objecten. De voor deze kerk ontworpen uitrusting getuigt van hoogstaande artistieke kwaliteiten en het gedegen vakmanschap van de kunstenaars. Enkele oudere kunstvoorwerpen, zoals beeldhouwwerk dat wellicht uit de 15de, 16de en 17de eeuw dateert en enkele 20ste-eeuwse interieurelementen werden op harmonieuze wijze in de monumentale abdijkerk geïntegreerd.
De volledig ingesloten abdij is toegankelijk via het smal poortgebouw ten noorden van de abdijkerk. Dit poortgebouw werd gelijktijdig met de kerk door August Van Assche in neogotische stijl ontworpen en staat via een gang in verbinding met de abdij. De tijdens de Eerste Wereldoorlog verwoeste aanpalende abdijgebouwen werden circa 1924 heropgebouwd naar ontwerp van de gerenommeerde architect Valentin Vaerwyck. De abdij is een representatief voorbeeld van een traditionele kloosteropbouw van vier vleugels met een omlopende pandgang rond een vierkant binnenhof gerealiseerd in een neo-Vlaamse-renaissancestijl met kenmerkende evenwichtige gevelopbouw opgetrokken in bak- en zandsteenstijl met een indrukwekkende tuingevel. De vergroting van de noord- en westvleugel door dom Antonius Maes volgens het oorspronkelijke ontwerp doet geen afbreuk aan de authenticiteit van het abdij complex. De ruimteverdeling en het sober interieur in neostijlen veruitwendigen de levensvisie van de paters. De grote refter met uitspringende lezenaar en houten zoldering gedragen door monumentale zuilen, de fraaie 'ontvangstkamer' in neogotische stijl, de 'Kapittelzaal' in neoclassicistische stijl met neorococo-elementen, de grote 'ontvangstzaal' in neo-Vlaamserenaissancestijl waar alle portretten van de abten verzameld zijn, en de 'spreekkamers' bleven integraal bewaard. De bijhorende grote achterliggende tuin, die de abdij van de voormalige abdijschool scheidt, is toegankelijk via een doorgang aan de Dijkstraat. Samen met de tuin wordt de gekasseide koer, gaanderij en de korfboogvormige poort ter hoogte van de Dijkstraat in de bescherming opgenomen.