De eendenkooi van Bornem heeft een historische waarde als getuige van een bijzondere jachttechniek op waterwild (zogenaamd vangbedrijf) zoals die vanaf de middeleeuwen werd toegepast. In de eendenkooi van Bornem zijn gespreid over 700 jaar vermeldingen van jaarlijkse aantallen gevangen eenden bekend. Er zijn sterke aanwijzingen dat het ontstaan van eendenkooien in Vlaanderen en zelfs hier in Bornem moet gesitueerd worden. De oudste vermelding van de vast renderende eendenkooi van Bornem dateert van 1318, waardoor deze als het oudst bekende voorbeeld in Europa beschouwd. Het is aannemelijk dat de eendenkooi van Bornem model stond voor een ruimere verspreiding in de ons omringende landen. De eendenkooi is onafgebroken verbonden aan het kasteel van Bornem, waarvan de geschiedenis minstens teruggaat tot 1292. De heren van Bornem konden zich hiervoor beroepen op het feodale jachtrecht. Vermoedelijk is de eendenkooi van Bornem, na de godsdiensttroebelen op het einde van de 16de eeuw, door baron Pedro I de Coloma heropgebouwd en geperfectioneerd. Doorheen de lange geschiedenis van de eendenkooi werd het aantal vangpijpen op de zuidelijke en noordelijke oever van de Oude Schelde aangepast en uitgebreid. Het eiland in de rivierarm wordt voor het eerst duidelijk weergegeven op de gravure van Sanderus uit 1644.

Tot voor 1764 werd de eendenkooi verpacht onder meer op basis van duidelijke onderhoudslasten. Nadien en tot 1971 werd de vangstinstallatie niet meer verhuurd maar door de adellijke eigenaars, via hun rentmeesters, zelf geëxploiteerd. Hiervoor werd een vaste kooiman in dienst genomen. De initiële functie voorzag in afzet van wild (eendenbout, eendenborst, mogelijk ook pastei), deels voor eigen consumptie maar ook voor afzet, onder meer op de wildveiling van Brussel. Vanaf 1973 werd de eendenkooi opnieuw verhuurd, ditmaal als vogelringstation aan de Belgische Staat, later de Vlaamse overheid, onder meer in functie van wetenschappelijk onderzoek naar trekkende watervogels. De ornamentele beplanting rond de zuidelijke vangpijpen, met onder meer taxus en plataan, gaat meer dan waarschijnlijk terug op een gedeeltelijk doorgevoerde laat 19de-eeuwse parkaanleg naar ontwerp van de bekende Duitse landschapsarchitect Eduard Keilig (1827-1895).

De eendenkooi van Bornem heeft een uitgesproken technische waarde omwille van de specifieke inplanting aan de Oude Schelde, waarbij een deel van de afgesloten rivierarm met eiland fungeert als kooiplas. De eendenkooi is derhalve uitgerust als een uitzonderlijk type met zogenaamde 'buitenpijpen', waarbij de vangpijpen rechtstreeks op de rivierarm aansluiten. De inrichting en uitrusting van de vier zuidelijke vangpijpen weerspiegelt nog de originele aanleg met gekromd vangfuiknet. Dit vangpijptype, ten onrechte vaak als het oud-Hollandse type voorgesteld, vormt een Vlaams prototype en stond garant voor een ruimere verspreiding in de ons omringende landen. Alle toebehoren waarmee een eendenkooi als bijzondere vangstinstallatie werd ingericht, waaronder vangpijpen, schermen en beugels, vormen één geheel en zijn hier nog afleesbaar bij de vier zuidelijke vangpijpen. Om de oeverzones van de vangpijpen te versterken werden kort na de Tweede Wereldoorlog steenbestortingen aangebracht. Ook het kooipad naar de eendenkooi, bereikbaar vanuit de kasteelomgeving via een kooibrugje, is als secundaire uitrusting bewaard. De inplanting van de eendenkooi werd bepaald door de brede afgesloten rivierarm van de Oude Schelde, waarop sinds het midden van de 13de eeuw geen drukke scheepvaartbeweging meer mogelijk was. Dit grote waterrijke gebied was daardoor een aantrekkelijk pleistergebied voor watervogels, noodzakelijk voor een succesvolle eendenvangst. Het alluviale bos aan beide zijden van de Oude Schelde is nog steeds herkenbaar als kooibos, met daarin fragmenten van hakhout met overstaanders, respectievelijk in de struiklaag en opperhoutlaag. In het kooibos komt nog steeds een spectrum aan wilgensoorten en -variëteiten voor, waaronder schietwilg, grauwe wilg, boswilg, bittere wilg, bastaard tussen schietwilg en kraakwilg, bastaard tussen katwilg en amandelwilg en klonen van katwilg (kloon 'Gele wiedauw') en Duitse dot (kloon 'Gewone kattekletters'), die origineel als poot-, vlecht- en bindwilgen dienst deden om de eendenkooi met houten vangpijpen op te bouwen en te onderhouden. Het uitzicht van de vangpijpen van het Oud-Vlaamse vangpijptype is uitzonderlijk sterk gedocumenteerd uit een gepubliceerde literaire bijdrage van Emile Best over de eendenkooi van Bornem uit 1877 en uit een fotografische opnamen uit circa 1887 en 1898.

Bij de aanleg van de eendenkooi speelde grondbezit en vermogen een belangrijke rol. De eendenkooi van Bornem, zelfs al werd deze voor 1764 verpacht, benadrukte de status van de achtereenvolgende Heren van Bornem, waaronder de baronnen en graven Coloma, de graven de Corswaerem-Looz, de graven de Marbaix en de graven de Marnix. De eendenkooi zorgde ervoor dat men op het kasteel van smaakvol vlees was verzekerd. De exploitatie van de eendenkooi was onderdeel van het omvattende beheer van het adellijke domein en behoorde toe aan opeenvolgende generaties van rentmeesters. Binnen de familie Van Roie bijvoorbeeld werd het rentmeesterschap overgedragen van het begin van de 19de eeuw tot 1962.

Zeker sinds 1792, maar vermoedelijk reeds vanaf 1764 hadden de kasteelheren een vaste kooiman in dienst. Het uitzonderlijke landelijke beroep van kooiman werd in stilte en eenzaamheid en vaak 's nachts op en rond de eendenkooi uitgeoefend. De laatste kooiman van de eendenkooi van Bornem was Charles Walschap. Het solitaire beroep of bijberoep werd steevast als geheimzinnig omschreven waardoor het een memorabele volkskundige achtergrond kende. Uit bronnenstudie is bekend dat het gebruik van een kooihond, van brandende turf en van een fluitje om eenden te lokken in de eendenkooi van Bornem werd toegepast. Uit een gepubliceerde literaire bijdrage van Emile Best over de eendenkooi van Bornem uit 1877 bleef een gedetailleerde omschrijving van het beroep en de werkzaamheden van de kooiman bewaard. Uit lokale volkskundige overlevering uit het tweede kwart van de 20ste eeuw is de uitspraak "het wordt donker boven Weert" bekend, verwijzend naar de grote aantallen, in zwermen opvliegende eenden in de nabijheid van de eendenkooi aan de Oude Schelde.

De eendenkooi van Bornem bezit een uitzonderlijke aanleg als buitenkooi waarbij de vangpijpen aansluiten op de Oude Schelde-arm. De rivierloop fungeert als kooiplas, waarbij de positie van de vangpijpen ruimtelijk gemarkeerd wordt door het centrale eiland, begroeid met opgaande bomen. De alluviale bosstroken aan beide zijden van de Oude Schelde, die op deze niet-ingedijkte gronden of zogenaamde 'buitenlanden' een gebruik kenden als kooibos, begeleiden daarmee de vroegere rivierloop. Het resterende, onverharde kooipad op de rechteroever, begeleid door overgebleven rietschermen en gemarkeerd door een beweegbaar loopbrugje, zorgt voor een geaccentueerde fysieke verbinding tussen het Kasteel van Bornem en de eendenkooi.

De eendenkooi van Bornem is als buitenkooi en na verlies van de oorspronkelijke jachtfunctie, onderdeel van de oude rivierloop van de Schelde en als dusdanig een bijzonder biotoop voor broedende en pleisterende watervogels. Het eiland in de Oude Schelde groeide tijdelijk uit tot broedkolonie van blauwe reigers en aalscholvers. De begroeiing van het kooibos, bestaande uit twee alluviale stroken middelhoutbos aan beide oevers van de Oude Schelde biedt een afwisselend biotoop voor zeldzame houtachtige en kruidachtige planten. Het spectrum aan soorten en -variëteiten uit het genus Salix (wilg) bestaat deels uit autochtone genenbronnen, evenals uit specifieke en karakteristieke cultuurvariëteiten. Het gebruik van de eendenkooi van Bornem als vogelringstation, effectief vanaf 1937 tot 1998, geeft uitdrukking aan een aanvullende wetenschappelijke waarde. Het inschakelen van deze functie, als geschikte herbestemming, betekende een ultieme redding van de vangstinstallatie van de eendenkooi van Bornem. In deze eendenkooi werden aanzienlijke aantallen watervogels gelokt, geringd, vrijgelaten en eventueel terug gevangen, met het oog op ornithologisch onderzoek naar aspecten van onder meer verspreiding, levensduur en migratie van soorten. Dit onderzoek gebeurde hier aanvankelijk vanuit een onderling samenwerkingsverband tussen de private eigenaar en het Koninklijk Natuurhistorisch Museum van België, later het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen als overheidsinstelling en de ornithologische vereniging 'De Wielewaal',