• wetenschappelijke, in casu geomorfologische waarde: De dijk werd aangelegd op een pleistocene rug gevormd tijdens de würm-ijstijd. Ten zuiden van deze dijk bevinden zich stuifzandruggen die gevormd werden tijdens het tardiglaciaal, de laatste periode van de würm. Het microreliëf, dat het gevolg was van deze landschapsvorming, is nog duidelijk te herkennen binnen de afbakening van het rangschikkingsvoorstel.
• wetenschappelijke, in casu pedologische waarde: Ten noorden van de dijk bevinden zich gronden die op de pedologische grens liggen van Zandig Vlaanderen en de Polders. De visuele band tussen de (Graaf Jans-)dijk (die ten minste ontstaan is in de late middeleeuwen) en de Bentillekreek is behouden gebleven door het onbebouwde karakter van deze gronden. Op geen enkele plaats langsheen de Graaf Jansdijk tussen Zonne en Boekhoute is dit verband zo duidelijk aanwezig.
• wetenschappelijke, in casu botanische waarde: Binnen het onderzoeksgebied worden zeldzame tot zeer zeldzame plantensoorten (volgens De Langhe et al. (1985) in het Vlaamse District of volgens de Standaardlijst van Stieperaere & Franssen (1982) ten noorden van Samber en Maas) aangetroffen, zoals Corydalis claviculata (rankende helmbloem), Knautia arvensis (beemdkroon), Succisa pratensis (blauwe knoop), Senecio sylvaticus (boskruiskruid), Teucrium scorodonia (valse salie), Verbascum thapsus (koningskaars), Polypodium vulgare (eikvaren), Rubus idaeus (framboos), Saponaria officinalis (zeepkruid), Ornithopus perpusillus (vogelpootje), Jasione montana (zand blauwtje), Melandrium album (avondkoekoeksbloem). Daarnaast worden er soorten aangetroffen die wijzen op typische vegetaties. Er worden soorten aangetroffen van droge graslanden en zuureikenbossen. Tevens worden soorten aangetroffen die op de overgang van bos naar grasland voorkomen, het zijn de soorten van zomen en struwelen en heiden. Het zijn dezelfde soorten als hierboven vergezeld van minder zeldzame soorten die samen de vermelde typische vegetaties van het onderzoeksgebied uitmaken.

in casu cultuurhistorische waarde: De Graaf Jansdijk is in deze fase vermoedelijk terug te brengen tot de Ware dijk die volgens Gottschalck (1955) reeds in 1290 bestond. Op het einde van de 14de en/of begin van de 15de eeuw werd dit dijksegment opgehoogd of aangelegd. De dijk is nog als dusdanig in het landschap te herkennen.