De eerste vermelding als Welem en Welnis dateert van 1163. De naam zou afgeleid zijn van Villina terra, of landbouwbedrijf. Bos, Langenakker, Overbroek, Russelt en Vrolingen zijn gehuchten van Wellen.

De Herk doorkruist het dorp van zuid naar noord. Enkele kleine beken van geringe betekenis monden uit in de Herk: de Winterbeek, de Spaasbeek, de Vloedgracht en de Kleine Herk. Kukkelberg, op 66 meter boven de zeespiegel, is één der hoogst gelegen plaatsen van de gemeente. In het noorden van het dorp, op een oostelijk gerichte helling die zacht naar de Oude Beek afdaalt, ligt, in een moerassige omgeving, een kunstmatige heuvel, waarschijnlijk de rest van een motte. De heuvel is circa 4 meter hoog, met een diameter van circa 25 meter, en is omgeven door een gracht van circa 9 tot 15 meter breed. Het plateau heeft een top van circa 10 meter diameter.

De prehistorische bewoning wordt aangegeven door de vondsten van verschillende vuurstenen bijlen, onder meer in het gehucht Russelt, waar circa 1894 een stenen bijl werd opgegraven nabij de zogenaamde Graetmolen. Voorts heeft men in Wellen tevens silexsteentjes gevonden, waarmee zulke stenen voorwerpen werden gepolijst.
Van de Romeinse bewoning getuigt het gevonden aardewerk. De antieke weg van Tongeren naar Taxandria doorkruiste het grondgebied van de gemeente, van zuid naar noord.

De vrijheerlijkheid Wellen was een kerkelijke enclave binnen het graafschap Loon. Zij behoorde tot het domein van de abdij van Munsterbilzen. De graaf van Loon was voogd over de abdij en haar goederen, dus ook over Wellen. De heerlijkheid werd bestuurd door een meier of scholtus, benoemd door de abdis.
De schepenbank van Wellen, bestaande uit zeven schepenen, sprak Loons recht en ging voor burgerlijke zaken ten hoofde bij de schepenbank van de abdij van Munsterbilzen. Voor criminele zaken waren de schepenen rechtstreeks onderworpen aan het leenhof.
In Wellen fungeerden verschillende laathoven: "Van Appeyen", één van de belangrijkste; "Ter Beeck", dat nog in 1780 bestond; "Van Der Biesen" of "Biesenhof"; "laathof van Simon Coniouls"; "van Petershem", vermeld in 1399 als eigendom van Gerard, heer van Pietersheim; "Schaetzenhof" of "Hof van Elderen", een leen van de abdij van Munsterbilzen, vanaf 1459 in bezit van de familie Schaetzen; "Strauvershof"; "Van den Bongart" of "Vandenbougart", waarbij een brouwerij hoorde, en dat in 1390 eigendom was van Willem van Schoenbeeck.

De heerlijkheid Wellen was verdeeld in vier kwartieren: het dorp, Russelt - van het Germaanse rus: zode van gras en modder -, Overbroek - etymologisch: aan de overzijde van de poel - en Bos of Wellerbos. Elk kwartier verkoos jaarlijks zijn burgemeester, het dorp had er twee. Tot in de 17de eeuw hadden Wellen en Herten een gemene vroente.
De gehuchten Vrolingen, met een -ingensuffix van Germaanse oorsprong en eerste vermelding in 1273, en Abswellen waren afzonderlijke heerlijkheden. De naam Abswellen betekent Wellen van de Abt, de proost van Maaseik.
Vrolingen was eigendom van de graven van Loon en bezat een schepenbank, die behoorde tot het beroepsressort van het Oppergerecht van Vliermaal. Er werd Loons recht gesproken met beroep bij het hof van Vliermaal. Heerlijkheid achtereenvolgens in het bezit van Aegidius van Frudelingen, Martinus van Printhagen, de familie van Meldert (1375), Godefridus van Montenaken, Willem en Jaak van Oyenbrugge, de familie van Rijckel (1649) en M. de Leonard, ridder van Streel.
De proost van Maaseik was heer van Abswellen. Hier werd Luiks recht gesproken. Administratief was Abswellen echter met Wellen verbonden, maar had, evenals de vier kwartieren een eigen burgemeester.

In de tweede helft van de 15de eeuw was Wellen een centrum van verzet tegen de Bourgondiërs en de door hen gesteunde prinsbisschop Louis de Bourbon (1456-1482). Een afdeling van het leger van Karel de Stoute toog naar Wellen. Het gevecht vond plaats in 1466 vlakbij de kapel van Oetersloven. De opstandelingen werden verslagen. Nadat ze zich in 1467 hadden gehergroepeerd, vluchtten ze of vielen ze in handen van de onder leiding van Adolf van Kleef optrekkende Bourgondiërs. Het dorp werd platgebrand en verwoest, de kerk geplunderd.
In de loop van de volgende eeuwen werd Wellen nog geteisterd: in 1579 plunderingen door soldaten van de hertog van Parma tijdens het beleg van Maastricht, waarbij verschillende huizen in brand werden gestoken; in 1636 teistering door de troepen van Jan van Weert; in 1654 legering van Lorreinse troepen; in 1657 plundering van Wellen en Abswellen door Lorreinse troepen, waarbij verschillende huizen in brand werden gestoken, evenals de pastorie; in 1673 teistering van Wellen en Abswellen. Gedurende de oorlogen van Lodewijk XIV in de tweede helft van de 17de eeuw was de gemeente verplicht zware contributies te betalen aan de vreemde troepen.
De zogenaamde Bokkenrijders van Wellen pleegden tussen 1746 en 1772 een heleboel misdrijven. Hollanders, de drossaard van de abdis van Munsterbilzen, schakelde in 1754 de eerste bokkenrijdersbende van Wellen uit. In de jaren 1773-1774 werd in Wellen door dezelfde drossaard een groot proces ingespannen tegen een Bokkenrijdersbende, waarvan een twintigtal te Wellen werd terechtgesteld.

In 1789-1793 was Wellen een oord van opstand van de Patriotten tegen de pastoor en de regenten.
De kerk was eertijds toegewijd aan de Heilige Brigida van Ierland, die in Wellen een bijzondere verering moet hebben gekend. Tot de parochie behoorden ook Vrolingen en Abswellen. Het patronaatsrecht van de kerk was in handen van het kapittel van Munsterbilzen. De tienden waren verdeeld over het kapittel en de pastoor. De abdissen van Munsterbilzen en Herkenrode bezaten eveneens een deel der tienden.

Op het einde van de 17de eeuw en in het begin van de 18de eeuw bestond er in Wellen tevens een reeds lang verdwenen, aan de Heilige Brigida gewijde kapel, op het grote Zonneveld, aan de voetweg naar Kortessem. De voormalige, reeds in de 17de eeuw bestaande Kapel van de Heilige Anna, zogenaamd "Sinte-Anna's bielt", op de grenzen van Wellen, Herten en Loon, werd in 1805 afgebroken.

De belangrijkste invalswegen naar de gemeente vormen de as Alken-Wellen - via de Russelt-, Veer- en Dorpsstraat of via de Bosstraat, op de Ferrariskaart (1771-77) nog deels als een veldweg weergegeven -, de as Kortessem-Wellen - via de Zonneveldweg - en de as Borgloon-Wellen - via de steenweg naar Borgloon en de Notelarestraat -. Het typisch vochtig-Haspengouwse dorp heeft altijd een vrij lineaire bebouwing gekend, enigszins geconcentreerd in de diverse gehuchten. De talrijke hoeven, veelal met losstaande bestanddelen en vaak reeds aangeduid op de Ferrariskaart, wijzen op een vrij welvarende landbouwbedrijvigheid, doch minder rijk dan in Droog-Haspengouw. Het betreft vaak vakwerkbouw in min of meerdere mate versteend en/of gerenoveerd. De laatste decennia is het lineaire nederzettingspatroon vaak uitgegroeid tot storende lintbebouwing. Sinds de jaren 1990 is een nieuwe woonwijk aan de Blokenstraat ten oosten van de dorpskern gelegen.

Op verschillende plaatsen te Wellen, vooral op de hellingen, werden in de 15de en 16de eeuw wijndruiven gekweekt, grotendeels bestemd voor de abdij van Munsterbilzen. De abdij bezat in Wellen twee banmolens op de Herk: één in het dorp, de huidige Wellermolen, en de zogenaamde Graetmolen meer noordwaarts. Momenteel is de fruitteelt in het dorp vrij belangrijk. De stroopstokerij Bleus, gelegen aan de Steenweg naar Vrolingen nummer 45, is nog in bedrijf. Heden ten dage bestaat meer dan de helft van de bevolking uit forenzen.

Oppervlakte: 1.696 hectare. Aantal inwoners (1977): 5.865.