Oudste vermelding van de heerlijkheid in 1323, van de parochie in 1202. Rotem is gelegen tussen de Maas en de steile hellingen van het Kempisch Plateau, op het zogenaamde terras van Maasmechelen. Dit terras werd circa 50 000 jaar geleden gevormd. De Maas had verschillende beddingen op dit terras. In deze oude beddingen lopen de Reseltbeek en de Pasbeek. Ook de Broeken en de Kogbeek vormen eigenlijk een deel van de oude Maas. De oude kern van het dorp lag binnen de vruchtbare, alluviale gronden van de Maasvallei, achter de winterdijken, die een eind van de Maas werden gebouwd. Tussen de Maas en de winterdijken ligt grasland en velden, de uiterwaarden, een gebied dat bij hoge waterstand overstroomt. De uiterwaarden te Rotem worden thans voor het grootste deel ingenomen door een grintbedrijf. Het westelijke deel van het grondgebied, gedeeltelijk gelegen op het Kempisch Plateau, werd oorspronkelijk ingenomen door het Ledebos, dat door overbeweiding en houtkap doorheen de eeuwen verandert in heidegronden. Deze heide wordt in 1818 verdeeld onder de belanghebbende gemeenten en in Rotem in 1832 voor het grootste gedeelte verkocht en voor een gedeelte ontgonnen, terwijl de gemeente de resterende 200 ha beboste.

Rotem ligt aan de Romeinse heirbaan Tongeren-Nijmegen. De huidige Hoogbaan, vroeger Oude Baan genoemd, volgt haar tracé. Zoals de meeste Maasdorpen is het een Frankische nederzetting, ontstaan tussen de Maas en de heirbaan.

Het dorp behoorde tot het grafelijk domein van Loon en ging in 1366 met de rest van Loon over op de Luikse Bisschoppelijke Tafel. De heerlijke rechten werden in 1679 tijdelijk verpand aan de familie de Leerodt en in de 18de eeuw aan de familie de Verschuyl.

Op het grondgebied van Rotem bevond zich in de late Middeleeuwen een territoriaal beroepshof, Valderen of Vonderen, bevoegd voor het Loonse deel van het Maasland; later verdween het. Waarschijnlijk is het hierdoor te verklaren dat de schepenbank van Rotem niet ressorteerde onder het Hof van Vliermaal en onder het ambt Stokkem, maar voor beroep bij het Maastrichtse Vroenhof ging. De gehuchten Dorne en Houw (Opoeteren) maakten ook deel uit van het rechtsgebied van de schepenbank van Rotem.

Op het grondgebied van Rotem bevonden zich een aantal Loonse lenen en laathoven, onder meer het Olmenhof, thans Verschuylenhof, en het Kessel- of Biessenhof. Laatstgenoemde was een belangrijk leen, later ook Ommerstein genoemd, achtereenvolgens in het bezit van de families van Kessel alias van Kriekenbeek (1380), van Goldstein (17de eeuw) en Smeets (1793). Voorts worden vermeld het laathof Boschhuisen (eerste vermelding 1427) van de abdij van Orienten, en de laathoven Heylaert of Ritsart, Ingenhagen, Claes Stevenshof en Termolen, alle lenen van de leenzaal van Kuringen.

De gemeente werd in het Ancien Régime bestuurd door twee jaarlijks verkozen burgemeesters.

De Sint-Monulphus- en Gondulphusparochie ontstond zeker vóór 1202. Mogelijk was de kerk daarvóór een filiaal van de kerk van Dilsen. Graaf Arnold IV van Loon schenkt in 1242 de kerk aan de abdij van de Godsberg te Neeroeteren, die dan ook het patronaat en de meeste tienden bezat. In 1274 wordt deze abdij verenigd met de cisterciënzerinnenabdij van Oriënten te Rummen, waarbij patronaatsrecht en tienden in het bezit kwamen van deze abdij.

Het dorp had dikwijls te lijden van de overstromingen van de Maas, onder meer in 1660, 1830 en 1836. In 1883 werd door de samenwerkende gemeentebesturen van Dilsen en Rotem een 1,75 km lange dijk aangelegd. Vanaf dan bleef het eigenlijke dorp van overstromingen gespaard. In 1985 werd een nieuwe dijk aangelegd van Stokkem tot Rotem. De zwaarste overstroming van deze eeuw was die van de winter 1993-94.

Rotem was tot in de 20ste eeuw een landbouwdorp, dat tot in de 19de eeuw sterk afhankelijk was van de gemeenschappelijke heidegronden. Vanaf 1910 nam de bevolking sterk toe, onder meer als gevolg van de oprichting van een zinkfabriek in 1911, de Société Anonyme de Rothem. Deze werd in 1966 gesloten. De gemeente bezit thans een industrieterrein met enkele kleine en middelgrote bedrijven, doch het grootste deel van de beroepsbevolking is elders werkzaam, onder meer in het Genkse industriegebied en in de nabije Maaslandse industrieterreinen.

De oude kern van het dorp ligt tussen de Maas en de Romeinse heirbaan, aan de de Schiervellaan, de voormalige Kerkstraat. De straat loopt evenwijdig met de meest westelijke arm van de Maas. De eerste kerk lag, zoals de meeste kerken in de Maasdorpen, aan de stroom; zij bevond zich tegenover het kruispunt van de de Schiervellaan met de Pastoorstraat. Aan de de Schiervellaan lagen ook de twee belangrijke Loonse lenen, Olmenhof en Biessenhof, thans kasteel Ommerstein. Een veerdienst aan het einde van de Kempenstraat verbond tot 1960 Rotem met het Nederlandse Grevenbicht aan de overzijde van de Maas.

Reeds vroeg hadden zich twee belangrijke gehuchten ten westen van de heirbaan ontwikkeld (Ferrariskaart, 1771-77): Haagstraat, de weg die het dorp ten westen van de heirbaan met de gemeenschappelijke heidegronden verbond, en Reselt. De gemeenschappelijke gronden, behorend tot het voormalige Ledebos, worden in 1818 verdeeld onder de belanghebbende gemeenten en worden in Rotem in 1832 verkocht. Vanaf dan begint de bebouwing van het westelijke deel van de gemeente. In 1834 wordt de nieuwe kerk gebouwd aan het kruispunt Haagstraat/Hoogbaan, dat zich vanaf deze periode ontwikkelt tot het eigenlijke centrum van het dorp, ten nadele van de oude dorpskern. Deze ontwikkeling gebeurt hoofdzakelijk vanaf de tweede helft van de 19de eeuw en zet zich tot heden door. De grootste uitbreiding van het gebouwenbestand situeert zich vanaf het midden van de 20ste eeuw. De oudste bebouwing concentreert zich aan de Kempenstraat, Haagstraat en Hoogbaan.

De aanleg van de Zuid-Willemsvaart tussen 1823 en 1825 sloot het dorp af van zijn heidegronden; vanaf 1828 werkte er een veerpont. In 1851 werd een draaibrug gebouwd, in het verlengde van de huidige Vaartstraat, en bediend door een brugwachter. In 1930 werd het kanaal verbreed en de nieuwe, vaste brug gelegd in het verlengde van de huidige Brugstraat. De spoorlijn Maaseik-Hasselt liep wel door de gemeente, maar had er geen station. Parallel met de Rijksweg lag de lijn van de stoomtram Maaseik-Smeermaas, geopend in 1898. De lijn verdween in 1954.

Gedeeltelijk op grondgebied Rotem, gedeeltelijk Dilsen lag de grote zinkfabriek van de Société Anonyme de Rothem, opgericht in 1912. Zij verdween in 1966.