De geschiedenis van de Koutermolen vangt aan op het einde van de 18de eeuw. Oorspronkelijk verrijst er een molen op de “Veldwijkkouter”, later de “Molenkouter”, in de naburige gemeente Stasegem op enkele honderden meters van de huidige inplanting. De molen staat niet op de Ferrariskaart uit 1775, maar wel op een kaart van 1789 die de Steenweg van Harelbeke naar Zwevegem weergeeft. De molen wordt vermoedelijk in dit tijdsinterval opgericht door Pieter Gheysens. Volgens het onderzoek van Denewet en Holemans werd de molen in 1810 vervangen door een andere molen uit Harelbeke die aan de andere zijde van dezelfde steenweg stond. In 1830 behoorde de molen toe aan Rafaël Teirlinck uit Lauwe, maar werd de molen terug ingekocht door de zoon van de eerste molenaar Pieter junior Gheysens die er molenaar zal blijven tot aan zijn dood in 1861. Op de Atlas der Buurtwegen (1845) wordt langs een veldweg ten westen van de toenmalige Eikenstraat, de molen weergegeven, meer bepaald ter hoogte van "Sentier n° 31" of "Chemin du Eyckstraet par le Koutermolen au Waterstraet". Volgens De Flou is de aanduiding op deze kaart ook de eerste melding van de naam van de molen. Eveneens voorkomend op de Atlas van Vandermaelen (1846-1854).

Nog volgens Denewet en Holemans blijft de molen van generatie op generatie eigendom van de familie Gheysens. Op Palmzondag 22 maart 1891 gaat de molen in de vlammen op waarna molenaar August Gheysen de gedemonteerde Brandemolen uit Deerlijk koopt en hem terug opbouwt in Stasegem. In 1917 leggen de Duitsers op de Gavermeersen een vliegveld aan en daarom moet de molen afgebroken worden. Het slopen gebeurt niet volgens de regels en gaat stuk. Victor Gheysen gaat na de oorlog, net zoals zijn vader in 1891, op zoek naar een molen. Op datzelfde ogenblik staat nabij het station van Deerlijk de Statiemolen te koop. Hij koopt de molen, die eerder al van Desselgem naar Deerlijk verhuisde en verplaatst hem voor een tweede maal, ditmaal naar de molenkouter in Stasegem. Na de dood van Victor in 1946 is er geen van de kinderen die molenaar wordt. De familie schakelt daarom een gelegenheidsmolenaar in om de molen af en toe te laten draaien tot hij in 1968 definitief stopt. De gemeente Harelbeke koopt de molen in 1976. Uiteindelijk moet de molen wijken voor een nieuwe verkaveling. De molen wordt in 1978 overgedragen aan de provincie die hem in 1981-1986 even verderop herbouwt op basis van de plannen van ir. arch. Walter Snauwaert. De werken werden uitgevoerd door molenbouwer Cottenier uit Aalbeke. De koutermolen maakt nu deel uit van het provinciaal domein De Gavers. Hij werd beschermd als monument bij besluit van de secretaris-generaal van 14/04/1944.

De huidige molen is een houten staak- of standaardmolen op een zes meter hoge belt. De voet is omsloten door een torenkot in baksteen metselwerk. Onderaan tegen de staak/standaard is een volutenversiering genageld, wat erop wijst dat de oudste molenonderdelen dateren uit de 18de eeuw. Op de steenzolder bevinden zich twee maalstoelen. De assen en de tand- en kamwielen zijn bewaard. Onder de kap bevindt zich een wiekenas waarop het vangwiel en het voorwiel gemonteerd zijn.

Naast de molen ligt de originele askop, die bij de heropbouw van de molen beschadigd raakte.