De gotische begijnhofkerk is een driebeukig, basilicaal kerkgebouw van tien traveeën lang op een rechthoekige plattegrond, zonder transept of architecturaal gemarkeerde koorpartij. De inscriptie op de steunbeer rechts van het noordportaal vermeldt 1305 als het begin van de bouw. De zeven oostelijke traveeën, de zuilen van het middenschip tot aan de westgevel en de aanzet van de westgevel behoren tot de 14de-eeuwse bouwfase. De voltooiing van de kerk met de afwerking van de drie westelijke traveeën en de westgevel volgde pas in 1421-1444. Ingenieur-architect Robert Vandendael restaureerde de begijnhofkerk in 1978-1985. De restauratie van het interieur van de begijnhofkerk was de eerste in Vlaanderen waarbij de aspecten bepleistering en afwerking intensief bestudeerd werden en in eer hersteld.

De gefaseerde bouw van de kerk blijkt uit een vereenvoudiging van de profilering van de vensters: twee rondstaven in het 14de-eeuwse gedeelte tegenover afgeschuinde dagkanten in het 15de-eeuwse gedeelte. Ook de materiaalkeuze weerspiegelt de tweeledige bouwgeschiedenis: kalkzandsteen in het 14de-eeuwse gedeelte, en kalkzandsteen gecombineerd met lagen ijzerzandsteen in het 15de-eeuwse gedeelte.

De sobere westgevel wordt geleed door de twee steunberen van het middenschip, het portaal en het centrale venster met laatgotisch maaswerk. De rechtse steunbeer is uitgebouwd tot een achthoekige traptoren met stenen spits. De rijker uitgevoerde vlakke koorafsluiting wordt beheerst door het grote spitsboogvenster van het middenschip. Een brede middenstijl verdeelt het venster in twee spitsboogvensters, elk onderverdeeld in drie elkaar snijdende lancetten. Die zijn op hun beurt ingevuld met spitse drielobben en oculi met ingeschreven drie- en vierlobben. De top van het venster bevat een oculus met vier kleinere oculi met ingeschreven drie- en vierlobben. Boven het grote koorvenster is de topgevel versierd met een blind spitsboogvenster, door vrijstaande natuurstenen stijlen in drie met maaswerk versierde vakken verdeeld. Het maaswerk van de spitsboogvensters in de oostelijke dwarsgevels van de zijbeuken bestaat uit drie lancetten waarboven drie oculi. De vier steunberen van de oostgevel van de kerk worden afgedekt door natuurstenen zadeldakjes.

Kleine spitsboogvensters verlichten het middenschip; enkel de vensters van de westelijkste travee bevatten maaswerk. De zijbeuken worden geleed door steunberen en grote spitsboogvensters waarvan sommige zijn ingevuld met drie lancetten (zie Onze-Lieve-Vrouw-ten-predikherenkerk). De vijfde oostelijke travee van de noordbeuk wordt ingenomen door een zijportaal. Het portaal wordt overspannen door een spitsboog en is in de dagkanten bezet met halfzuiltjes, gevat tussen bladkapitelen en geprofileerde sokkels. De archivolten van de overspannende spitsboog zijn versierd met rondstaven. Op basis van oorspronkelijke resten werd in 1985 de polychromie van het portaal gereconstrueerd. In het timpaan bevindt zich console versierd met een engelenbeeld. Het beeld is verdwenen. Het portaal is versierd met een geprofileerde waterlijst op consoles met mensenhoofdjes en wordt overhuifd door een in 1985 aangebracht zadeldak (hout en leien).

De zijbeuken worden overdekt door flauwe lessenaarsdaken (leien), het middenschip door een steil zadeldak (leien) met een zeshoekige dakruiter (hout afgedekt met leien). Aan de noordzijde van de kerk ligt het ommuurde voormalige kerkhof van het begijnhof. De bakstenen muur met dekplaten in blauwe hardsteen werd in de 18de eeuw opgericht naar ontwerp van de Leuvense bouwmeester Jacques Antoine Hustin. De twee toegangen tot het vroegere kerkhof zijn afgezet met hardstenen pijlers met rocaillemotieven, siervazen en flankerende voluten. Op het voormalige kerkhof bevindt zich een Calvarie op een sokkel in bak- en kalksteen met een memorieplaat voor Gaspar Joannes Enoch (†1790), pastoor van het begijnhof.

Interieur

Binnenin heeft de begijnhofkerk een tweeledige opstand, met spitse scheibogen op zuilen onderaan en kleine spitsboogvensters bovenaan. De scheibogen hebben een afgeschuind blokprofiel omrand door rondstaven, de zuilen steunen op een geprofileerde basis met achthoekige sokkel en worden bekroond door kapitelen met twee rijen koolbladeren.

Het wit gekalkte interieur van de begijnhofkerk wordt vooral bepaald door de aanpassingen uit de 17de eeuw. De middeleeuwse sporenkap met spits houten tongewelf werd in 1654-1655 verborgen achter verankerde bakstenen kruisribgewelven op gestucte voluutconsoles. De gewelven zijn vierdelig, behalve in de meest oostelijke travee van het middenschip, waar het achtdelig gewelf de grote oculus van het koorvenster verbergt. Boven de zuilen van het middenschip werden in de jaren 1660 apostelbeelden geplaatst. Boven de voorlaatste vrijstaande zuilen staan beelden van Jozef (zuid) en Maria (noord). De sokkels van de beelden zijn versierd met door putti geflankeerde acanthusbladeren met daarin medaillons ter herinnering aan overleden begijnen. De westtravee van het middenschip wordt ingenomen door de drie traveeën brede orgeltribune uit 1656. De gestucte vierdelige kruisribgewelven van de tribune rusten op Toscaanse (half)zuilen met gedrukte rondbogen. Het zwaar geprofileerde hoofdgestel steunt op twee gestucte voluutconsoles met leeuwenkoppen die elk een medaillon met jaarmerk in de muil houden. Het orgel werd geplaatst in 1692 door de Haachtse orgelbouwer Pieter Goltfuss; de vervaardiger van de orgelkast is tot op heden onbekend. Onder de orgeltribune bevindt zich het barokke tochtportaal van de westgevel, geleed door Ionische pilasters en afgedekt door een gebroken segmentfronton met guirlandes. De dubbele deur in het westportaal dateert uit 1671 (jaarmerk op de middenstijl) en heeft op de middenstijl een sculptuur van een zogende Maria met kind. Een ander barok tochtportaal bevindt zich in de noordbeuk, aan de binnenzijde van het vroeg 14de-eeuwse portaal.

De barokke altaren in het oosten van de kerk en de bijhorende afsluitingen (tweede helft 17de eeuw) hebben een iconografie die zinspeelt op de passie van Christus en de eucharistie. Overig barok kerkmeubilair zijn drie biechtstoelen (jaarmerk 1658) en de preekstoel (1661) aan de zuidzijde van het middenschip. De medaillons op de kuip van de preekstoel stellen Johannes de Doper, Johannes de Evangelist en Maria met het kind Jezus voor. Op de hoeken staan beelden van de vier kerkvaders. In de tweede westelijke travee van de zuidbeuk staat de 18de-eeuwse doopvont in wit, zwart en rood Belgisch marmer.

Na het dichten van de scheibogen werden de oostelijkste traveeën van de zijbeuken in de 18de eeuw ingericht als sacristieën. De wanden van de noordsacristie zijn bezet met een houten lambrisering met ingebouwde kasten uit het midden van de 18de eeuw. Achter de lambrisering van de westwand zijn in een nis resten bewaard van de oorspronkelijke middeleeuwse afwerking, namelijk een witte voegenschildering op grijze grond. Ook de zuidsacristie bewaart resten van het middeleeuwse kerkinterieur. In de noordwand is de oostelijke zuil van de scheiboog van het middenschip zichtbaar; de oost- en de zuidwand bevatten elk twee spitsbogige muurnissen met een spitse drielob. Op de zuidwand werden resten bloot gelegd van een 16de-eeuwse zwarte schildering rond een verdwenen altaar of epitaaf. In de oostwand is een natuurstenen epitaaf uit circa 1500 ingemetseld, met een door een vrouwelijke heilige begeleide begijn in aanbidding voor de gekroonde Maria met kind.

Boven het 17de-eeuwse gewelf van het middenschip bleef de oorspronkelijke middeleeuwse sporenkap bewaard. De gebogen standzonen en korbelen van de onderste hanenbalken vormen samen een spits tongewelf waarvan de bebording verdween in 1917. Op de onderdelen van de dakkap zijn nog resten van een beschildering in zwarte geometrische motieven te zien. Een dendrochronologische analyse van het hout werd uitgevoerd maar leverde geen datering op.

Onder de witte verflagen in de kerk werden tijdens de restauratiewerken in 1978-1980 resten aangetroffen van de middeleeuwse afwerking van het interieur: een rode beschildering op de kalkzandstenen zuilen en muurschilderingen met religieuze thema’s. Specifiek voor het middeleeuwse begijnenmilieu is de voorstelling van vrouwelijke heiligen. De legende van de heilige Barbara (tweede kwart 14de eeuw) en de voorstelling van de heilige Veronica met zweetdoek (rond 1400) in de zuidelijke zijbeuk illustreren dit. De uitbeelding van de bijbelse parabel van de Wijze en Dwaze maagden (derde kwart 15de eeuw) op de westmuur vertaalt op unieke wijze de Laatste Oordeelsiconografie naar de leefwereld van de begijnen. Boven op een trap verwelkomt Christus als mystieke bruidegom aan zijn rechterhand de wijze maagden die de deugden personifiëren. De dwaze maagden die als ondeugden getypeerd worden, keren terug om hun lege olielampen te vullen. Onder de trap zijn in een gewelfde kerkruimte begijnen geschilderd die eveneens deugden en ondeugden voorstellen.

De vloer van de kerk bestaat uit witte en zwarte natuurstenen tegels. De verhoogde vloer met het hoogaltaar bestaat eerst uit witte, zwarte en grijze natuurstenen tegels in een ruitpatroon en vervolgens uit banden van witte en zwarte tegels rond vierkante grijze tegels. In de vloer bevinden zich ongeveer 90 grafzerken van begijnen uit de periode 1396-1753. De hardstenen grafplaten van Katherine van Voirsellaer (†1443) en Katherine Van Nethene (†1459) zijn sinds 1856 verwerkt in de muur van de noordelijke zijbeuk. Opvallend wegens hun eigentijdse vormgeving zijn het dienstaltaar en de bijhorende kast voor gebedenboekjes, naar ontwerp van Paul Van Aerschot uit 1985.

Gotische zuilenbasiliek met transept noch toren (zie kerken der bedelorden); vlakke koorsluiting, onversierde westgevel, opbouw aangevat in 1305 (opschrift op het noordportaal); westelijke traveeën uit midden 14de eeuw; overwelving voltrokken in 1654 (jaartal op een oostelijke gewelfsleutel van de noordzijbeuk) waardoor het hoge, gelambriseerd spitsgewelf afgeschermd werd; de oorspronkelijke dakspant is tot op heden bewaard gebleven. Kenmerkende elementen: in de koorsluiting het grote spitsboograam met voor de 14de eeuw typische Y-tracering; kapitelen en consoles verfraaid met dierenmotieven (zie Sint-Jacobskerk); oorspronkelijke bouw van het zuiden.

Opschriften (1234 en 1305) op de gehistoriseerde consoles die de verwijderde luifel van het noordportaal schraagden, wijzend op de stichtingsdatum van het begijnhof (1234) en de beginperiode van de opbouw der kerk (sporen van polychromie in het boogveld).

Houten barokmakelaar van het westportaal verfraaid met een madonnabeeldje, jaartal 1671; noordmuren van het kerkhof door J.A. Hustin, 1763; Calvarie van circa 1500 in de schaduw van drie grote sparren.

Mobilair (overgebracht naar het Stedelijk Vanderkelen Mertens Museum) onder meer: interessant glasraam uit de 14de eeuw; gekruisigde Christus (einde 15de-begin 16de); Christus in het Graf, uit dezelfde periode, Madonna herkomstig van het noordportaal (voorheen één zijde van een "Marianum"), einde 16de eeuw.