De kerk is vooral bekend vanwege haar muurschilderingen die getuigen van de spiritualiteit en devotie van de begijnen.

De fasering van de muurschilderingen kan verbonden worden met de bouw- en de inrichtingsfases van de kerk. De oudste schilderingen, met name de wijdingskruisen, dateren van de bouw van het oudste koor, in 1265. Zij werden aangebracht op de plaatsen waar de bisschop het kerkgebouw wijdde met chrisma.

Daarna volgt het decor dat begin 14de eeuw op de triomfboog en in het koor werd geschilderd, na de verhoging en de uitbreiding van het kerkgebouw rond 1295-1310. Deze uitmonstering kan vooral mystiek geduid worden.

De derde groep schilderingen dateert van het tweede decennium van de 16de eeuw, na het herstel en de nieuwbouw van het schip die uitgevoerd werd van 1489 tot rond 1511. Dit derde decor werd in hoofdzaak op de pijlers van het schip aangebracht en toont het leven van Maria alsook verschillende vrouwelijke heiligen die geïnterpreteerd kunnen worden als rolmodellen voor de begijnen. Daarnaast hebben specifieke devoties tot de keuze van de voorstellingen geleid: de Heilige Hubertus, bisschop van Luik waarvan Sint-Truiden toen deel uitmaakte, en de stigmatisatie van de Heilige Franciscus van Assisi, een mystiek gebeuren dat de begijnen nauw aan het hart lag. Een voorstelling van De Jongeman en de Dood uit dezelfde periode, was bedoeld als een memento mori, een waarschuwing om deugdzaam te leven in het perspectief van een onverwachte dood.

Een vierde decor ten slotte, waarvan meerdere taferelen bewaard bleven, is geschilderd op het einde van de 16de eeuw. Op dat ogenblik werd de iconografie verruimd en kwam er dus meer variatie in de voorstellingen. Mannelijke heiligen als Rombout van Mechelen en Quirinus van Malmedy alsook devotietaferelen verrijken het beeldprogramma.

Archiefonderzoek heeft geen gegevens opgeleverd over de uitgaven voor de muurschilderingen. Dat is niet vreemd wanneer de voorstellingen in persoonlijke opdracht werden uitgevoerd. Opvallend is dat bij vele taferelen in het schip in de benedenhoeken kleine figuurtjes zijn afgebeeld in de meest nederige positie, namelijk geknield. Verschillende geknielde personages zijn door hun kledij duidelijk als begijnen te identificeren, maar er komen ook enkele anders voorgestelde personen voor, mannen en vrouwen. Ze vouwen allemaal biddend de handen en dit type voorstelling wordt dan ook ‘gebedsportret’ genoemd. Het is meer dan waarschijnlijk dat het gaat om de opdrachtgevers van de taferelen. Zij hebben de schilder dus betaald. Aangenomen wordt dat dit gebeurde om een gelofte in te lossen of juist in de hoop op steun in de toekomst en vooral na de dood. De gebedsportretten strekten ook tot voorbeeld om giften te doen waarmee het kerkinterieur verfraaid kon worden. Als er individuele heiligen op het tafereel zijn uitgebeeld – met name Ursula, Cecilia, Odilia, Genoveva, Goedele, Dymphna, Gertrudis, Maria Magdalena, Agatha, ...– gaat het vaak om naamheiligen die de patroon- of beschermheilige waren van de geportretteerde en knielende opdrachtgever. Maar in het geval van de begijnhofkerk bestaat hierover geen concrete informatie. Hoewel er enkele namen van 16de-eeuwse begijnen bekend zijn, kunnen die niet met de gebedsportretten verbonden worden. Belangrijk is dat overwegend begijnen de opdracht gaven voor de muurschilderingen. Die zijn aldus een unieke bron van de begijnenspiritualiteit en devotie. De ontdekking van de muurschilderingen gebeurde in 1860 tijdens onderhoudswerken. Nieuwe ontdekkingen vanaf 1933. Restauratie in 1934 door Cornelis Leegenhoek. Restauratie door het Koninklijk Instituut voor het Kunstpatrimonium in 1972-1974, onder leiding van Michel Savko.