Over het ontstaan en de vroegste geschiedenis van de abdij van Munsterbilzen is weinig met zekerheid geweten. Op basis van overlevering en (her)interpretaties van geschreven bronnen werd een geschiedenis van de abdij geschreven die met de nodige omzichtigheid moet gelezen worden. Volgens de overgeleverde traditie bouwde Landrada in de 2de helft van de 7de eeuw een kerk of kapel in de bossen van “Belisia”, die toegewijd werd aan Onze Lieve Vrouw. Rond de kerk werd een vrouwenklooster opgericht waarvan Landrada de eerste abdis zou zijn geweest. Hierbij volgden de zusters de regel van Benedictus waarbij hun dagelijks bestaan gegarandeerd werd door de inkomsten van de abdijgoederen. Uit de analyse van de historische studies van de abdij van Munsterbilzen blijkt dat er twee visies met betrekking tot de stichting zijn.

De eerste stroming ontkent de Merovingische oorsprong van de abdij en laat deze ten vroegste aanvangen in de 10de eeuw. De stichtingslegende rond de heilige Landrada zou geen historische grond hebben en enkel in het leven zijn geroepen om de abdij een meer luisterrijk verleden toe te dichten.

De tweede stroming beweert dat de stichting van de abdij wel kan opklimmen tot de laat-Merovingische periode, maar bij wijze van spreken een herlancering zou gekend hebben in de 10de eeuw. Sinds de opgravingen in 2006 in de Water- en Perronstraat, zijn er ook archeologische gegevens die in de richting van een Merovingische oorsprong van de abdij wijzen. Een vijftal paalsporen behoorden immers tot een gebouw dat op basis van 14C-analyse uit midden 5de tot midden 7de eeuw dateert. Aangezien de functie van het gebouw niet kon achterhaald worden, is niet aangetoond dat dit gebouw deel uitmaakte van een kloostercomplex. Wel toont dit aan dat het archeologisch bodemarchief van de abdijsite de enige bron is die ons informatie zal kunnen verschaffen over de stichting en de vroegste geschiedenis van de abdij van Munsterbilzen. De assumptie dat het Merovingische klooster op de puinen van een Romeinse nederzetting was gebouwd, werd niet bekrachtigd. De aanwezigheid van Romeins puin – in bijzonder “Romeinse” dakpanfragmenten – impliceert niet automatisch het bestaan van Romeinse grondsporen. Het aangetroffen Romeins puin is waarschijnlijk afkomstig uit de nabije omgeving. Hiervoor komt de site aan de Sint-Landradakapel in aanmerking, op 500 meter ten zuidwesten van de parochiekerk gelegen. Of de Noormannen circa 880 het klooster vernietigden, werd op geen enkele wijze tekstueel of archeologisch bewezen. Als dit echter klopt, dan is ook niet uit te maken - zonder bijkomende archeologische informatie - hoe lang de site verlaten bleef en hoe zwaar de verwoestingen waren.

Volgens de eerste visie werd de abdij van Munsterbilzen pas gesticht ergens tussen 950 en 986. Volgens de tweede visie werd het klooster toen heropgebouwd. In het begin van de 11de eeuw werd het klooster in de archiefdocumenten “ecclesia (monasterium) Sancti Amoris” genoemd. Deze benaming verwijst naar de Sint-Amorkerk, die conform de eerste visie ook de eerste kloosterkerk was. Overeenkomstig de tweede visie werd de Sint-Amorkerk vóór 1040 ten zuiden van de Onze-Lieve-Vrouwekerk gebouwd. Het archeologisch onderzoek toonde aan dat de pre-romaanse fase van de Sint-Amorkerk en de boomstamgraven uit de laat-Karolingische periode dateerden. De voormalige kloosterkerk kreeg een herbestemming als parochiekerk. De omwonende boeren en het personeel van de abdij werden begraven op het aanpalende kerkhof. De oudste begravingen gebeurden in boomstamgraven, de jongere begravingen in stenen sarcofagen of houten kisten. Een aantal vaststellingen (o.a. het martyrologium-necrologium en het muntrecht) staven dat de kloostersite een belangrijke rol moet gespeeld hebben in het wereldlijk en kerkelijk bestuur in de Ottoonse periode.

Van de 12de tot de 18de eeuw was de abdijgemeenschap seculier en spreekt men van een damesstift. Het stift stond vanaf dat moment onder de voogdij van de graven van Loon. Amper anderhalve eeuw later, toen de strijd om de Loonse opvolging losbarstte, kwam het onder het gezag van de prins-bisschoppen van Luik. Tussen de 16de en 18de eeuw leed het net als vele andere instellingen en mensen onder de economische crisis die onze gebieden toen trof, al was er uiteraard ook sprak van enkele kortstondige bloeiperiodes.

Het centrale deel van het stift was omsloten door een muur. Wanneer deze muren opgetrokken werden, is niet geweten. De opgravingen van 2006 tonen echter aan dat deze muren waarschijnlijk voorafgegaan zijn door een gracht die de abdijsite in een U-vorm omsloot, in het noorden afgesloten door de Molenbeek. Hierdoor wordt de abdijsite opgesplitst in een intra muros en een extra muros deel. Deze scheiding heeft zich bestendigd in het stratenpatroon omheen het centrale deel van het stift. Binnen de muren waren het abdissenkwartier met de aanpalende dienstgebouwen, het kerkencomplex en de verblijfplaatsen van de kanunnikessen gelegen. Van de gebouwen intra muros zijn uit deze periode bovengronds enkel de gotische kerktoren, het abdissenkwartier en de voormalige school bewaard gebleven. De verschillende archeologische opgravingen toonden aan dat er nog funderingen van de stiftgebouwen in de bodem aanwezig zijn. De Sint-Amorkerk was de stifts- of kapittelkerk en werd zeker vóór 1040 opgetrokken, mogelijk in de 10de eeuw. De Onze-Lieve-Vrouwkerk was vermoedelijk de oudste kerk van de abdij. Na de oprichting van de Sint-Amorkerk, werd ze de parochiekerk van Munsterbilzen. Volgens de legende werd de kerk in de 7de eeuw eigenhandig door Landrada gebouwd. Haar relieken werden erin ondergebracht, vermoedelijk op 9 maart 965. Ook de relieken van de heilige Amor werden er geplaatst, in afwachting van de voltooiing van de stiftkerk die aan hem gewijd was. Helaas is er zo goed als niets bekend over de evolutie en het uitzicht van de middeleeuwse Onze-Lieve-Vrouwkerk. Enkel de opgravingen uit de jaren 1970 en de Ferrariskaart bieden hier aanknopingspunten.

De functiewijziging van de Onze-Lieve-Vrouwkerk, van abdijkerk naar parochiekerk, illustreert de verbondenheid tussen het stift en het dorp. Dat blijkt trouwens ook uit het feit dat de abdis niet alleen hoofd van het stift was, maar tot aan het einde van het Ancien Régime binnen het dorp de plak zwaaide. In het dorp - maar buiten het centrale, ommuurde deel van het stift - waren een aantal landbouwgronden, aangelegde tuinen en gebouwen eveneens eigendom van de abdij. Daar lagen een aantal nutsgebouwen en verblijfplaatsen voor de kanunniken en mannelijke gasten. Dit is ook de reden waarom het niet evident is om de abdijsite ruimtelijk af te bakenen. Het intra muros gedeelte kan gezien worden als het kerngebied van het stift. De abdijsite was in oorsprong veel ruimer. Dit bewijzen de eigendommen van het stift extra muros en het feit dat vroeg- en volmiddeleeuwse archeologische resten ook aanwezig zijn buiten het ommuurde deel van het stift. Op basis van de huidige informatie is een ruimere begrenzing van de abdijsite dan het gebied intra muros echter niet verantwoord. Verder archeologisch en historisch onderzoek zou hier meer duidelijkheid in kunnen brengen.

Het einde van het adellijk stift voltrok zich in een periode van ongeveer 8 jaar als gevolg van de Franse Revolutie. In 1794 werden de abdijgebouwen vernield door de Fransen en moesten de bewoonsters elders onderdak zoeken. Deze gebeurtenis betekende het einde van het adellijk kapittel.

In de 19de en 20ste eeuw wordt de geschiedenis van de abdijsite gekenmerkt door eerst een versnippering en daarna een hereniging van het domein. Na de opheffing van het stift werd het complex in 1800 in vier loten verkocht. In 1895 kocht de Franse congregatie van Sint-Jozef-de-Goede-herder uit Clermont-Ferrand in Frankrijk alle gebouwen van de voormalige abdij om er een lagere meisjesschool te huisvesten en geesteszieke vrouwen te verzorgen. Een jaar later werd het gebouwenbestand uitgebreid voor de opvang van geesteszieken. In de loop der jaren werd vrijwel het hele terrein volgebouwd, een proces dat zich nu nog verder zet in de uitbouw van het Medisch Centrum Sint-Jozef.