Het Rot omvat enerzijds een kleinschalig landschap met open plassen, moerassen, wilgenstruwelen, rietvelden, loofbos en naaldhout en anderzijds een opspuitvlakte met typerende vegetatie. Dit landschap vormt samen met het Vlietbos en Blokkersdijk een aaneensluitend natuurlijk geheel op Antwerpen-Linkeroever.

Fysische geografie

Topografie

Het gebied, met een oppervlakte van circa 84 hectare, wordt in het noorden begrensd door de Charles de Costerlaan (N49a), in het oosten door een opspuitingsvlakte, in het zuiden door de Blancefloerlaan (N70) en in het westen door de R1. Het Rot vormt samen met Het Vliet (ten westen) en Blokkersdijk (ten noordwesten) een aaneensluitend natuurlijk geheel in een sterk verstedelijkt en geïndustrialiseerd Antwerpen (Linkeroever). De gemiddelde hoogte varieert van circa 3 meter +TAW tot circa 5 meter +TAW in het zuidoosten van het gebied.

Het Rot heeft een grote esthetische waarde, enerzijds door het voorkomen van een kleinschalig, vegetatief rijk begroeid landschap en anderzijds door de aanwezigheid van een vrij jonge opspuitvlakte met een typische vegetatie. De kleinschaligheid wordt vooral geaccentueerd door gradiënten van wilgenstruwelen, rietvelden, moerassen, open plassen, verlande poelen, loofbos en naaldhout.

Geologie en bodem

Het geologisch substraat bestaat uit groengrijs tot grijs, glauconiethoudend (plaatselijk kleihoudend), fijn zand dat tot de Formatie van Kattendijk (plioceen, 5,3 tot 2,6 miljoen jaar geleden) behoort. Het centrale deel van het gebied omvat volgende bodemtypes: uiterst natte kleibodems zonder profiel (bodemtype sEgp), zeer sterk gleyige kleibodems zonder profiel (bodemtype sEfp), uiterst natte licht zandleembodems zonder profiel (bodemtype sPgp) en zeer natte licht zandleembodems zonder profiel (bodemtype sPfp). Daar rond worden op de Digitale Bodemkaart Vlaanderen opgehoogde gronden (bodemtype ON) en sterk vergraven gronden (bodemtype OT) weergegeven. Het beschermde gebied werd opgespoten. De dikte van de opgespoten zandlaag varieert van een onbelangrijk laagje tot enkele meters. Op vele plaatsen waar de zandlaag erg dun is, is de waterstand hoog ten gevolge van de ondoordringbare kleilaag.

Flora en fauna

De Biologische Waarderingskaart (versie 2, 1997-2010) vermeldt de aanwezigheid van een populierenaanplant op droge grond met struikgewas in het noordwesten van het beschermde landschap. Een bomenrij met dominantie van plataan loopt ten zuidoosten van deze aanplant. Het Rot bestaat overwegend uit ruigte op voormalig akkerland, opgehoogde of vergraven terreinen en struweelopslag van allerlei aard (vaak op gestoorde gronden). In het noorden, langs de Charles de Costerlaan, geeft de topografische kaart van België (2006) een langgerekte strook loofbos weer, met in het noordoosten een populierenaanplant en enkele percelen gemengd bos. Volgens de Biologische Waarderingskaart komen hier overwegend wilg en berk voor, met enkele percelen zuur eikenbos ertussen. Langs de waterloop komen vochtig wilgenstruweel op voedselrijke bodem en een rietvegetatie voor. De vijvers in het zuidwesten werden geïnventariseerd als eutrofe plassen met natuurlijke oevers, omgeven door loofbos met overwegend berk, wilg en vlier.

Het Rot is vooral gekend vanwege zijn waarde als vogelgebied. In 2007 werden er 71 soorten geinventariseerd waarvan 47 soorten in dit gebied broeden. In het gebied komen ook nog verschillende soorten zoogdieren en amfibiën voor.

Cultuurhistorisch landschap

De kabinetskaart van de Ferraris (1770-1778) geeft Het Rot weer als moerassig weiland bestaande uit smalle, repelvormige percelen met noordwest-zuidoost oriëntatie omgeven door smalle grachtjes. Het Rot is een deel van de uitgestrekte “Polder de Swijndrecht”. De kaart van Vandermaelen (1846-1854) stelt het gebied voor als weiland in de “Polder de Borgerweert”, met vermelding van het “Fort des Espagnols ou Fort Stengel”. Op de kaart van het Institut Cartographique Militaire (1890) is het gebied nog steeds in gebruik als weiland. Kleinere percelen zijn bebost of zijn ingericht als akkerland. Het "Fort des Espagnols" wordt niet meer vermeld. De kaart van het Militair Geografisch Instituut (1969) toont dat het gebied grotendeels opgespoten is (circa 1930), namelijk onder andere langs de Charles de Costerlaan en de Blancefloerlaan. Deze opgespoten terreinen zijn grotendeels bebost. De rest van het gebied wordt aangeduid als grasland en moerassige gronden. Rond 1970 werd ook het middenstuk van het gebied (vroeger Middenvijver genoemd) opgespoten met een dikke laag zand. Bovendien werd in 1977 de verbindingsweg met de autosnelweg en de expresweg (Charles de Costerlaan) aangelegd. In 2007 werd er een nieuwe waterplas aangelegd met bijbehorend grachtensysteem.