De stad Sint-Truiden is in de vroege middeleeuwen gegroeid rond de abdij die door Trudo, een edelman van Frankische afkomst, werd gesticht op het familiaal domein te Sarchinium. Dit uitgestrekte domein was aan drie zijden omgeven door een dicht woud; aan westelijke zijde was het begrensd door de moerassige beemden van de Cicindriabeek, die nu nog steeds aan de westelijke zijde van de site stroomt. Volgens verschillende geschreven bronnen liet Trudo een kerk en klooster bouwen op een kleine verhevenheid op de rechteroever van deze beek. De stichting dateert van het midden van de 7de eeuw, wat haar één van de oudste kloosterstichtingen van Vlaanderen maakt. Na de dood van Trudo groeide al gauw een kleine nederzetting rond de abdij. Bedevaarders kwamen van heinde en verre om het graf van Trudo te bezoeken en de mirakels te aanschouwen die met deze heilige in verband werden gebracht. Door haar uitstraling trok de abdij al vlug geïnteresseerden aan die zich in de buurt vestigden of zich als lijfeigenen aan de abdij schonken. In de 8ste, of begin 9de eeuw, nam de orde de regel van Benedictus aan. In de 11de eeuw was Sint-Truiden al uitgegroeid tot een versterkte stad, Oppidum Sancti Trudonis genaamd. De abdijkerk die in deze periode onder abt Adelardus werd gebouwd, moet met haar meer dan honderd meter lengte een erg indrukwekkend bouwwerk zijn geweest. De abdij kende dan ook een ongeziene bloei. In de late middeleeuwen waren vooral de lakennijverheid en de verre handel erg belangrijk voor de stad; de abdij speelde een belangrijke rol in deze handelsactiviteiten. Na de middeleeuwen verliest Sint-Truiden echter aan belang. Op het einde van de Franse Revolutie wordt de abdij tenslotte verkocht en worden de gebouwen geplunderd en grotendeels afgebroken. In de 19de eeuw, na de onafhankelijkheid van België, wordt op het vroegere abdijterrein het Klein Seminarie ingericht en vinden de basisschool en het College er onderdak.

Op de abdijsite werden in het verleden al meermaals opgravingen uitgevoerd, waarbij voornamelijk gefocust werd op het vrijleggen van de restanten van de voormalige abdijkerk. In 1939-1943 werden opgravingen uitgevoerd door A. van Hoeymissen en G. Boes naar aanleiding van de scriptie van broeder van Hoeymissen over de Romaanse kerkelijke bouwkunst in Vlaanderen.

Na de Tweede Wereldoorlog werden opnieuw opgravingen uitgevoerd in de voormalige abdijkerk. Dit maal wou men op zoek gaan naar de kapel voor de Heilige Trudo, die in de 12de eeuw onder abt Wiric (1155-1180) werd gebouwd.

Na de brand van 1975, waarbij de Seminariekerk, de torenspits en een deel van het internaat in vlammen opgingen, ijverden archeologen ervoor dat archeologisch onderzoek van de nog niet eerder vrijgelegde delen van de abdijkerk kan plaatsvinden. Helaas werd het internaat al terug opgebouwd voordat een onderzoek kon worden uitgevoerd. Een gedeelte van de vroegere abdijkerk is door deze nieuwbouw dan ook onherroepelijk verloren gegaan. Nadat echter tijdens de bouwwerkzaamheden het graf van abt Wiric (1155-1180) en een Merovingisch graf werden aangetroffen, waarvan men vermoedde dat het aan de stichter van de abdij, Trudo, heeft toebehoord, werd er dan toch initiatief ondernomen om wat overblijft van de bedreigde kerksite te onderwerpen aan een grondig archeologisch onderzoek. De opgraving werd in 1982 uitgevoerd door de Archeologische Buitendienst van het Provinciaal Gallo-Romeins Museum. Tijdens het onderzoek werden de fundamenten van de opeenvolgende
kerkgebouwen blootgelegd. Daarbij werden ook muren van de allereerste kerk uit de 7de eeuw ontdekt, die bestond uit een rechthoekige beuk met polygonale koorsluiting en twee latere laterale uitbreidingen. Ook van de eerste crypte werd een muurfragment opgegraven. Er werd erg veel herbruikt Romeins materiaal tussen de bouwresten aangetroffen. Er werd ook een groot aantal graven aangesneden, waarbij de overledenen in de zuivere leembodem, in houten kisten, in grafkelders of in kalkstenen sarcofagen waren begraven. Eén graf kon aan de hand van een tegel met inscriptie worden geïdentificeerd als het graf van abt Wiric. Een andere belangrijke vondst uit deze opgravingscampagne zijn de zogenaamde klankpotten, die onder de vloer van het oostelijk gedeelte van het schip werden aangetroffen. Deze potten in Maaslands aardewerk zijn ouder dan de Andennekeramiek die tot dan toe enkel in de publicatie van Borremans was beschreven. De potten uit Sint-Truiden worden op het eind van de 10de, begin 11de eeuw gedateerd.

In 1992 vatte de stad Sint-Truiden het plan op om de crypte voor het publiek toegankelijk te maken. Daardoor kreeg het Instituut voor het Archeologisch Patrimonium (IAP) de gelegenheid om de crypte nogmaals te onderzoeken. Tijdens het onderzoek werd de driebeukige hallencrypte met polygonale absis blootgelegd. Ten westen en ten zuidwesten van de crypte werden twee grafkelders aangetroffen uit zandsteenblokken, die aan de binnenzijde bepleisterd zijn met een roodbeschilderde kalkmortellaag.

In 1996 kwamen nog een aantal begravingen aan het licht tijdens de aanleg van nutsvoorzieningen voor de Academiezaal, ten zuidwesten van de crypte. Zeven van de aangetroffen graven konden vluchtig worden onderzocht. Ook deze graven zijn opgetrokken in zandsteenblokken die aan de binnenzijde bepleisterd zijn en voorzien van een rode kleurstof.

Het archeologisch onderzoek in 2005 door ARON bvba, naar aanleiding van renovatiewerken, vond in twee fasen plaats. Tijdens de aanleg van een nieuwe riolering en nutsleidingen werden muren aangesneden. Het toenmalige Ruimte en Erfgoed achtte een archeologisch onderzoek dan ook noodzakelijk. In een eerste fase werden de al zichtbare archeologische sporen en structuren geregistreerd. Tijdens de tweede fase werd het verder uitdiepen van de rioleringssleuf opgevolgd.
Tijdens het onderzoek werden muren en funderingen uit verschillende bouwfases blootgelegd. Vermoedelijk hebben ze toebehoord aan bedrijfsgebouwen. Op de afbeelding van de abdij van rond 1700 en op de plannen van architect L.-B. Dewez (1731-1812) zijn op deze plaats inderdaad een reeks gebouwen te zien. Rond 1770 werden deze gebouwen afgebroken en verder westelijk gebouwd, langsheen de huidige Abdijstraat.