De Windekemolen is een vroeg 19de-eeuwse houten korenwindmolen, type standaard met open voet. De teerlingen staan op een kleine molendam, ingeplant op het einde van de straat bij de grens met Scheldewindeke.

Al in 1378 wordt in een erfenis melding gemaakt van een houten staakmolen op de gemeentegrens van Scheldewindeke en Balegem, zij het iets meer oostwaarts midden op de zogenaamde Grote Meulecauter van Scheldewindeke. Lange tijd was die molen in het bezit van de heren van Scheldewindeke (vandaar de naam Windekemolen, ook al was de molen gelegen net over de zuidelijke grens in Balegem). In 1644 werd de molen heropgericht en verpacht door de familie Van Dale. Wanneer de molen in 1811 verkocht werd, vermeldde men dat de molen in hout was en in gebruik als snuif- en korenmolen. In 1910 brandde de molen volledig af door een blikseminslag waarop molenaar Hector De Visscher vlakbij een andere molen liet optrekken: de molen Jenquin of windmolen van Vreckom die in 1846 al overgebracht was vanuit Marcq (Moulin de Bornival) naar Denderwindeke. Dat de molen oorspronkelijk uit Marcq komt, blijkt ook uit een inschrift op de middenlijst aan de vangzijde: "Vital Piteur de Marcq 1841". Deze molen werd daar rond 1815 gebouwd.

Rond 1930 werd onder de steenbalk een zware brasem geplaatst als extra steun tegen doorbuiging. Tijdens de jaren dertig werden de houten roeden ook vervangen door geklinknagelde, halfverdekkerde roeden van Verhaeghe uit Ruddervoorde. In 1940 onderging de molen ernstige oorlogsschade aan de trap, kruisplaat en steekbanden door een granaatinslag (hersteld door molenmaker Frans Van Eeckhaut uit Burst). De molen bleef in bedrijf tot 1959. In 1979 maakte architect Ferdinand Weyers een restauratieontwerp, uitgevoerd door Walter Mariman (Zele) en ingehuldigd in 1988 maar deze restauratie voldeed niet. In 2005 werd de molen om veiligheidsredenen gedemonteerd door ’t Gebinte Molenbouw en in 2017-2018 maalvaardig gerestaureerd door Dirk Peusens.

De Windekemolen is belangrijk als de omvangrijkste (in horizontale doorsnede) nog bestaande staakmolen in Oost-Vlaanderen en de enige in de provincie met twee armwielen op de molenas (het derde wiel is een stropwiel). De staak is voorzien van een holle, ijzeren stormpin, mogelijk een vroegere kanonloop. Verder heeft de molen een mansardekap met leienbekleding, een molenkot met verticaal schuddeberd en een enigszins rond uitgebouwde windweeg over de ganse hoogte zodat een derde steenkoppel kon worden aangebracht. Vrij uitzonderlijk voor de provincie is ook de gebruikte trekbalkconstructie. Het balkon loopt over de volledige breedte van de voorweeg. De molen beschikt over drie koppels maalstenen (waarvan één zonder steenkist), een haverpletter en een buil.