In de kerk bevindt zich een orgel dat in zijn huidige gedaante het werk is van A. D'Hondt uit Kessel-Lo circa 1900. Er zijn echter veel oude elementen in verwerkt, vermoedelijk van het voorgaande orgel. Het betreft een gedeelde neogotische orgelkast in eik, met houten sierfrontpijpen. In de rechtse kast bevinden zich alleen de blaasbalg en de baspijpen van de bourdon 16.

Het is bekend dat het oude orgel van de kerk van Diegem naar Kwerps werd overgeplaatst rond 1790. Een eerste wijziging van dit oude instrument kan in die periode gebeurd zijn door A. Rochet uit Nijvel. De twee huidige windladen dragen nog de signatuur van J.E. Smets uit Brussel, gedateerd 1837, wat wijst op een herbouw in deze periode.