De kerk is nog omgeven door een grotendeels ommuurd kerkhof afgesloten door een fraai toegangshek van 1861. Een ijzeren hek hangt aan twee hoge vierkante arduinen hekpijlers met bolbekroning. Aan weerszij is door een rond arduinen paaltje een voetgangersdoorgang gemarkeerd. Oorspronkelijk was het kerkhof aan de straatkant afgesloten door een hoge ijzeren afsluiting op een arduinen muurtje, dat verwijderd werd in de jaren 1950. Heden is het kerkhof ook toegankelijk via de Sint Jacobsstraat en via de pastorietuin. Een gekasseid pad afgezoomd met nieuw aangeplante leilinden leidt naar het kerkportaal. Een smal gekasseid paadje loopt eveneens rondom het kerkhof. Leilinden werden nog recent aangeplant langsheen de ommuring.

Er zijn weinig opvallende of belangrijke graftombes te vinden op het met gras begroeide en heraangelegde kerkhof. Slechts één sculpturaal uitgewerkt grafteken en één gietijzeren kindergrafkruis zijn te vermelden. Aan de zijmuren van de kerk onder de vensters en in de koormuren zijn oudere grafstenen ingemetseld.

Wel opvallend op het kerkhof is het zogenaamd 'Hofken', de begraafplaats van de priesters voorzien van een calvarie. Het met ijzeren hekwerk afgesloten gedeelte van de begraafplaats, ten zuidwesten van het transept, trekt inderdaad speciale aandacht. Het oorspronkelijk houten kruisbeeld van de calvarie hoorde bij het graf van kanunnik J. De Bouck van 1761, met in de transeptmuur ingemetselde grafsteen. Het werd bij de herstelling in 1975 in de kerk geplaatst en vervangen door een beeld van terracotta. De flankerende beelden van Maria en Johannes van geschilderde terracotta zijn vermoedelijk eind 19de-eeuws of begin 20ste-eeuws te dateren.

In het Hofken zijn acht grafstenen bewaard, de meeste zijn verwerkt in de kerkmuren. Het meest opvallende grafmonument is dat van kanunnik Joseph Olivier Andries (Ruddervoorde 1796 - Brugge 1886), een arduinen praalgraf met een graftombe op een licht hellend vlak, versierd met een leliekruis en een medaillon met de symbolen van het priesterschap. In de omkadering is in sierlijke letters een Latijnse tekst gebeiteld die ons inlicht omtrent leven en werk van Joseph O. Andries, pastoor van Middelburg en van Heille van 1827 tot 1836, daarna kanunnik van de kathedraal van Brugge gedurende 45 jaar, politicus (lid van het Nationaal Congres en volksvertegenwoordiger) en vereerd met verschillende onderscheidingen. Kanunnik Andries speelde een belangrijke rol bij de verwezenlijking van diverse verdienstelijke initiatieven die bijdroegen tot de ontwikkeling van het Meetjesland, zoals bijvoorbeeld de aanleg van het Leopoldkanaal.