Deze site ontstond rond 1225-50 als omgrachte en omwalde nederzetting met vijf houten gebouwen op een kunstmatig plateau in de vallei van de Meersbeek (Centraal archeologische inventaris). Dit is de oorspronkelijke "curtis", een hoeve met losstaande bestanddelen, regelmatig geschikt rondom een rechthoekig erf. Waarschijnlijk diende die in de 13de-14de eeuw als verblijfplaats voor de administratie van de heren van Hoelbeek, nadien als zetel voor hun leenhof. Rond 1325-50 kreeg Jonkholt een stenen ommuring met ronde, holle hoektorens en een poortgebouw in het zuiden. Het geheel heeft een rechthoekig grondplan van 52 meter x circa 40 meter. Elke hoek is voorzien van een voor drie kwart uitgebouwde, ronde toren. De buitenmuur is 1,3 meter dik en heeft een buitenparement van mergelblokken. Rond de omringende gracht wordt in het eerste kwart van de 16de eeuw een aarden wal opgetrokken, met op elke hoek een soort rond bastion. Deze wal is aan de zuidelijke zijde voorzien van een mergelstenen steunmuur aan de buitenzijde, mogelijk de rest van een klein bolwerk vóór de toegangspoort van het kasteel. Deze bevindt zich bij het zuidoostelijke aarden bastion en heeft een U-vormig grondplan. Onverwacht kreeg de site in de tweede helft van de 16de eeuw een bestemming als militaire vesting tijdens de opstand van Willem van Oranje tegen de Spaanse Nederlanden (Wouters 2013). Daarna zette het verval in. Alleen de hoge aarden wallen waren nog in het landschap zichtbaar.

Na een archeologisch onderzoek kreeg de site haar huidige uitzicht. Van mei 1985 tot november 1987 volgden drie opgravingcampagnes. Het archeologisch onderzoek bracht twee grote bewoningsfasen aan het licht. Vandaag ziet men een verhoogd plateau in gras, omringd door gerestaureerde, gemetselde muur die aan de binnenzijde een bakstenen parement bezit en aan de buitenzijde bekleed is met mergel. Na de opgraving van 1985-1987 werden de muren sterk gerestaureerd.

Jonkholt vormde samen met Groenendaal en Hoelbeek één leen. De heren van Jonkholt zijn verwant aan het geslacht Hamal van ’s-Herenelderen. Ze werden voor het eerst in 1288 vermeld (Johan van Jochout). In 1365 omvat Jonkholt het dorp Hoelbeek, zes hoeven en twee molens, dicht bij de curtis gelegen. In 1390 heeft het geslacht Jonkholt geen mannelijke nazaten meer. De goederen worden tussen de twee dochters verdeeld: Groenendaal gaat naar de familie van Elderen, Jonkholt en Hoelbeek naar de oudste dochter, die huwt met ridder Hendrik van Guigoven, slotvoogd van Kolmont. In 1414 komt de heerlijkheid in het bezit van de familie van Rijkel-Gelinden, in 1436 van de familie van den Bosch de Mopertingen, in 1494 van de Merode de Houffalize. In 1639 verkoopt Anne François de Merode Houffalize het leen Jonkholt aan Karel Egidius Vaes, die het kasteel van Schalkhoven bewoonde. Door huwelijk gaat het goed over op de familie van Eyll, die het tot 1819 in bezit houden. De erfgenamen van rentenier Michaël Albert de Grady, de eigenaar van Groenendael, verkocht de site aan baron Emile de Roosen uit Luik, wiens familie Jonkholt de hele 19de eeuw in handen hield.