Het eerste station "Lisseweghe statie" lag oorspronkelijk (1863) op de lijn Brugge-Blankenberge (op het grondgebied Zuienkerke) bij de gemeentegrens met Lissewege. Met de aanleg van de nieuwe spoorlijn Brugge-Zeebrugge in 1906 komt er in Lissewege een nieuwe stopplaats. Het oude station in Zuienkerke wordt in 1969 afgebroken.

Stationsgebouw van het type "1895" (gewijzigd type "1881"), opgetrokken in 1906, gelegen op de lijn Brugge-Zeebrugge aangelegd in functie van de nieuwe haven. Dit gebouw met langwerpig grondplan bestaat uit: een hoofdvolume (ontvangstkantoor en woning) van drie traveeën en twee bouwlagen onder zadeldak, een lage vleugel links (met de wachtzaal van eerste en tweede klasse en een wachtzaal voor derde klasse) van drie traveeën en één bouwlaag onder zadeldak. Rechtervleugel van één travee en één bouwlaag (keuken en washuis) onder een zadeldak. Verankerde, bakstenen lijstgevel met gebruik van natuursteen voor de dorpels en de omlijstingen. Rondboogvormige deuren en benedenvensters ritmeren de gevels. Op de verdieping, rechthoekige vensters. De gevels worden horizontaal belijnd door een muizentandlijst en houten kornissen met geprofileerde kornisblokken. De twee eindgevels zijn blind met uitzondering van een oculus ter hoogte van de nok. Oorspronkelijk was dit gebouw gedeeltelijk voorzien van een luifel om de reizigers op het perron te beschermen. In dezelfde stijl werd tevens een gebouwtje opgetrokken voor lampisterie en toiletten. Ernaast twee dienstgebouwtjes in dezelfde stijl opgetrokken als het stationsgebouw. Het zijn roodbakstenen constructies met horizontaal belijnende banden van gele baksteen, rechthoekige muuropeningen.

De seinwachterwoning bevindt zich aan de overkant van de lijn. Het is opgevat als een breedhuis op L–vormige plattegrond met dubbelhuisopstand van drie traveeën en twee bouwlagen onder zadeldak. De bepleisterde en witbeschilderde lijstgevel met zwarte plint wordt horizontaal belijnd door banden ter hoogte van de tussen- en bovendorpels van de segmentboogvormige muuropeningen.