Ontstaan als schuilhaven voor vissersboten in 1906. De benaming werd pas toegekend in 1957 bij de feestelijkheden naar aanleiding van het 50-jarig bestaan van de haven waarbij toenmalig Prins Albert het dok openstelde.

De oprichting van een vissershaven wordt vastgelegd in de Conventie van 30 juni 1899: tussen de Staat en de concessiehoudende maatschappij wordt bepaald dat een schuilhaven voor vissersboten zal worden ingericht ten oosten van de toegangsweg tot de sluis. Op 13 juli 1906 wordt de haven opengesteld. Bij het ontstaan is de vissershaven in noord-zuid-richting 150 meter lang, 80 meter breed en 1,5 meter diep bij laag water. De oevers hebben geen kaaimuren maar stenen glooiingen en aan de oostzijde bevindt zich een houten staketsel. Zwaar vernietigd in de Eerste Wereldoorlog.
In 1921 wordt een commissie opgericht die de gevolgen van de oorlog nagaat op het gebied van de exploitatie van de haven van Zeebrugge. Aangezien het besluit van de commissie het belang van de vissershaven bevestigt, begint men in 1928 met een eerste uitbreiding (ontwerp "Bouckaert"). De bestaande haven wordt 3,5 meter uitgediept, en in noordelijke richting 70 meter uitgebreid en 80 meter verbreed. Aan de zuidkant bouwt men een kaaimuur in beton, de noordzijde blijft een stenen glooiing. In 1931 wordt een steiger bijgebouwd om het aantal aanlegplaatsen te verhogen.

In het begin van de jaren 1930 is de vissershaven echter alweer te klein: verschillende schepen moeten worden afgemeerd in het Boudewijnkanaal achter de zeesluis. Een tweede uitbreidingsfase begint rond 1932-1934: het dok wordt oostwaarts verlengd met 200 meter en uitgerust met betonnen kaaimuren. In 1939 volgt een derde uitbreiding: het zuiderdok wordt verbreed, met een kaaimuur uitgerust en een betonnen staketsel wordt opgetrokken; deze werken gebeuren onder leiding van de Oostendse aannemer J. Van Coillie.

De Tweede Wereldoorlog brengt veel schade toe aan de haven en het visserijgebeuren. Zo worden bij de aftocht van de Duitsers in september 1944 de kaaimuren, met uitzondering van de Rederskaai, opgeblazen.

Na de oorlog begint men vrij snel aan de heropbouw van de kaaien en de vismijn. De visserij bloeit immers als nooit tevoren omdat de tijdens de oorlog weinig beviste visgronden nu nóg betere vangsten opleveren.

In 1957 wordt het dok voor de vierde keer verlengd met 200 meter kaai en uitgediept tot 5 meter bij laag water. Door deze uitbreiding, uitgevoerd door het bouwbedrijf Setra uit Ukkel, komt de totale kaailengte op 1350 meter met een nuttige lengte van 850 meter.

Tussen 1950 en 1960 wordt in de noordwestelijke hoek van het dok een kleine jachthaven uitgebouwd. De uitbating ervan is sinds 1951 toevertrouwd aan de Gentse Royal Belgian Sailing Club. Ten behoeve van de plezierjachthaven wordt door het Beheer van Bruggen en Wegen, Dienst der Kust een vlottende brug van 150 meter aangebracht. Aansluitend in de loop van 1960 (schepencollege van 20 maart 1960), heraanleg van de noordelijke kade.

Dok bereikbaar vanuit de toegangsgeul naar het Boudewijnkanaal Noordelijke helft quasi volledig ingenomen door de jachtclub "R.B.S.C." of "Royal Belgian Sailing Club" met op de kade een in 2004-2005 naar een ontwerp van Buro II (Roeselare) opgetrokken havenmeestergebouw (Rederskaai nummer 1). Heden bezit de club in het dok ligplaats voor circa 250 boten.

De oostelijke hoek van het dok is in gebruik voor het aanmeren van vissersboten. Tevens locatie van een Russische onderzeeër, die deel uitmaakt van het maritiem-toeristisch themapark Seafront (zie Visserijstraat nummer 1). Het betonnen staketsel tussen de noordelijke en zuidelijke dokhelft (als het ware in het verlengde van de Vismijnstraat) doet dienst als aanlegplaats voor toeristische havenrondvaarten. Zuidelijke helft uitgerust met twee slipways en een kielbank zie benaming van de parallel gelegen Werfkaai.

Sinds het verleggen, in het begin van de jaren 1990, van de vismijnactiviteiten naar het European Fish Center (zie Noordzeestraat) is het Prins Albertdok heden niet langer het centrum van de Zeebrugse visserij; het merendeel van de vissersboten legt tegenwoordig aan langs de oevers van het voormalige zwaaidok aan de overkant van het Prins Filips- en Oud Ferrydok.

Op de oostkade van het Prins Albertdok ligt de West-hinder, een in 1994 als laatste West-Europese (en dus ook laatste Belgische) uit de vaart genomen lichtschip. Het schip is, samen met een zusterschip, gebouwd in 1950 op de Oostendse Beliardwerf. Afwisselend lagen ze telkens een half jaar voor anker op één mijl ten zuiden van het zuidpunt van de Vlaamse bank. Op de zeekaart waren de coördinaten 51° 23' noorderbreedte, 2° 26.5' oosterlengte of zo'n 28 kilometer uit de kust voor Nieuwpoort. Het karakter van haar licht werd bepaald door vier schitteringen om de 30 seconden en bij mist blies de nautofoon om de halve minuut. Het schip had 9 bemanningsleden aan boord die telkens voor 14 dagen naar de West-hinder werden overgevaren. Het zusterschip ligt in het Antwerps Bonapartedok als drijvend museumschip van het Nationaal Scheepvaartmuseum. Sinds 1994 maakt het schip deel uit van het maritiem-toeristisch themapark Seafront (zie Vismijnstraat).