Van het orgel dat in 1789 door de Rijselse orgelmaker J.J. vander Haeghen gebouwd werd, rest heden enkel de orgelkast. Het binnenwerk werd vernield in 1794 door plunderende Franse benden. Vanaf dat tijdstip tot 1903 zijn geen geschiedkundige gegevens meer voorhanden. Het is niet uit te sluiten dat de kerk heel die tijd zonder orgel gebleven is. In 1903 werd een instrument uit de kerk van Sint-Jan-de-Doper in Duinkerke (F-Dunkerque) in de lege orgelkast van Krombeke overgeplaatst door Frederik Loncke (Esen).