Enkele bekende namen uit de orgelgeschiedenis komen voor in Woumen: Pieter Ysoré (Saint-Omer) maakte in 1571-73 een nieuw orgel, maar voorheen bezat de kerk reeds een orgel aangezien dit door Ysoré overgenomen werd. Of het Ysoré-orgel de beeldenstorm overleefde is niet bekend. Rond 1688 is er sprake van een nieuw orgel; de naam van de bouwer is helaas niet vermeld. In 1775 werd J.A. Loret (Diksmuide) betaald voor een stembeurt, en in hetzelfde jaar verrichtte ook P.J. De Rijckere (Kortrijk) herstellingen. Over de situatie van het orgel dat in de Eerste Wereldoorlog samen met de kerk teloorging, zijn geen gegevens voorhanden. De kerk was heropgebouwd in 1925, maar een orgel kwam er pas in 1952; het werd geleverd door Jos. en Pieter Loncke (Esen). In 1985 werd het in de kerkbrand vernield. Een nieuw orgel werd geplaatst door de firma Loncke Orgelbouw (Zarren) in 1988.