Reeds van vóór 1600 was er een orgel in de kerk van Leisele. In 1633 zou een nieuw orgel gekocht zijn. In 1743 werd een nieuw orgel geplaatst, wellicht door de Rijselse orgelmakers J.-G. Gobert en J. Bosquet; in 1767 werd het hersteld door J.-G. Gobert en J.-J. van der Haeghen. In het begin van de 19de eeuw, na de heropening der kerken, werden herstellingen uitgevoerd door R. Germain (Ieper); het rugpositief zou daarbij door hem weggenomen zijn. In 1860 werd een nieuw orgel geleverd door Petrus Albertus Loncke (Hoogstade). Het is niet uitgesloten dat Loncke de oude orgelkast hergebruikte; uit een beschrijving van 1883 door zijn zoon Frederik Loncke blijkt dat het orgel over een hoofdwerk en rugwerk beschikte. Dit orgel en de kast gingen verloren in de brand van 1908. Tot 1933 bezat de kerk alleen een harmonium. Het huidig orgel is van Jos. Loncke (Esen), uit 1933-34.