In 1836 werd een orgel gebouwd door Charles-Louis Vanhoutte (Waregem); dit orgel ging verloren, waarschijnlijk tijdens de Eerste Wereldoorlog. Het huidige orgel werd in 1760 gemaakt door Andries Jacob Berger (Brugge) voor de voormalige Sint-Catharinakerk in Brugge. Rond 1880 werd het gekocht als eerste orgel voor de heropgerichte benedictijnenabdij van Steenbrugge. In 1933 belandde het uiteindelijk in de nieuwe kerk van Slijpskapelle. Een renovatie geschiedde door Louis-Benoit Hooghuys (Brugge) in 1880. De overplaatsing naar Slijpskapelle in 1933 was het werk van Jules Anneessens (Menen). De laatste renovatie gebeurde door Etienne De Munck (Sint-Niklaas) in 1988.