Vóór 1836 was er reeds een orgel aanwezig. In 1837 bouwde Pierre (jr) Van Peteghem (Gent) een nieuw orgel. Volgens zijn werklijst zou L.B. Hooghuys (Brugge) tussen 1870/1873 een orgel geleverd hebben bij "Roulers, Soeurs Grises"; in het huidige kloosterarchief is echter dienaangaande niets terug te vinden. In 1891 werd een (nieuw?) orgel geplaatst door Ch. Anneessens (Geraardsbergen). In 1917 (Eerste Wereldoorlog) werd het (zoals meerdere andere Roeselaarse orgels) preventief gedemonteerd en naar Gent gevoerd; in 1919 werd het door J. Anneessens in de kapel heropgebouwd. In 1933 werd een nieuw orgel gebouwd; het oude werd in 1934 in de Sint-Janskerk in Oostende geplaatst.

Huidig orgel: Jules Anneessens (Menen), 1933.