In 1753 was er een koster-organist, wat betekent dat er een orgel aanwezig was. In 1833 wordt een "nieuw orgel" vermeld; het was gemaakt door Leo Lovaert uit Nevele; het was diens eerste werkstuk. Het betrof een klein instrument met 8 registers. In 1841 plaatste Lovaert een nieuw klavier aan zijn orgel. In het kerkarchief is in 1877 sprake van "een oud orgel dat nu door een klein harmonium is vervangen". Later leest men dat "het bouwvallig orgel is verkocht in 1895". Er was sinds 1895 geen orgel meer aanwezig; men behielp zich sinds 1877 met een harmonium en nadien met een electronium. Sinds het begin van de 21ste eeuw is er opnieuw een klein orgel aanwezig; de bouwer is de firma Verschueren (Nl - Heythuysen). Het werd naar schatting rond 1960 gemaakt voor een privé-persoon, en tweedehands aangekocht door het kerkbestuur van Markegem.