Een voormalig orgel, mogelijks daterend van bij de bouw van de kerk, en waarvan de auteur niet bekend is (De Rijckere uit Kortrijk?), werd in 1852 door Ch.-L. van Houtte overgebracht naar de parochiekerk van Gijzelbrechtegem. De orgelkast (hoofdzakelijk een instrument van Van Houtte bevattend) is aldaar bewaard gebleven. In Wakken zelf werd in 1852 een nieuw orgel gebouwd door Ch.-L. van Houtte (Waregem). In 1906 werd het instrument omgebouwd en uitgebreid door Th. Delmotte & zoon (Doornik). Het onderging een revisie door J. Anneessens & zoon (Menen), in 1948. Wijzigingen werden andermaal toegebracht door J. Bruggeman (Marke), in 1997.