Over voormalige orgels in de kerk van Kanegem is niets gepubliceerd. Het enige bekende gegeven is een herstelling door de Brugse orgelmaker Simon Hooghuys in 1842. In 1912, na de renovatie van de kerk, werd een nieuw orgel gebouwd door Jules Geurts, orgelbouwer in Berchem (bij Antwerpen). Een electro-ventilator werd in 1938 bijgevoegd door Jules Anneessens (Menen). In 1940 was er schade door het bombardement bij aanvang van Wereldoorlog II; het is niet bekend welke orgelbouwer de schade hersteld heeft. In 1965 had een herstelling plaats door P. Anneessens (Menen), verder onderhoud was in handen van diens opvolger Paul Andriessen. Algehele restauratie (met restauratiepremie van het Vlaams Gewest) had plaats in de jaren 2008-2009, naar ontwerp van Gabriël Loncke (Overmere) en uitgevoerd door Jan Lapon (Diksmuide).