Een voormalige orgel van Sint-Baafs-Vijve werd in 1858 verkocht aan de kerk van Huise-Lozer (provincie Oost-Vlaanderen); het zou hier gebouwd geweest zijn in 1759. De auteur is vermoedelijk een orgelmaker uit Frans-Vlaanderen. In 1858 werd een nieuw orgel geleverd door L. Lovaert (Gent). Dit instrument ging wellicht verloren in de Eerste Wereldoorlog, of in de nasleep ervan. Het huidige instrument werd in 1937 gebouwd door J. Anneessens (Menen), en de orgelkast door G. Delafontaine (Menen). Een totale ombouw greep plaats in 1998, door J. Bruggeman (Marke).