Over orgels vóór 1858 zijn nagenoeg geen gegevens voorhanden. In 1854 (herbouw kerk) wordt het orgel gedemonteerd en heropgebouwd door Ch.L. van Houtte (Waregem). Nog in hetzelfde jaar vernieuwt Maximilien van Peteghem (Gent) het positief. In 1858-1859 wordt het instrument omgebouwd door orgelmaker Fr. Ureel (Krombeke); toezicht op de werken werd gehouden door priester-architect J.A. Clarysse, die van 1846 tot 1863 onderpastoor was in Wingene; in 1877 voert dezelfde Ureel (sinds 1866 in Poperinge gevestigd) nog nieuwe verbeteringswerken uit. Dit orgel ging verloren in de Eerste Wereldoorlog. Het huidig orgel is een instrument van J. Anneessens (Menen), gebouwd in 1928.