In deze nieuwe minderbroederskerk (1868) werd in 1873-1875 een nieuw orgel gebouwd door P.A. van Dinter (Maaseik). In 1934 werd de tractuur gepneumatiseerd door V. van de Loo (Rotselaar) maar het instrument behield toch zijn oorspronkelijke dispositie. Na het vertrek van de minderbroeders uit Eeklo (1986) geraakte het instrument – dat reeds in slechte staat was – helemaal in verval; het is thans onbruikbaar.