Het orgel werd in 1797 gekocht van de gesupprimeerde abdij Ten Eekhoute in Brugge, waar het gebouwd was in 1624. De oorspronkelijke bouwer is niet bekend (mogelijks N. Helewoudt uit Brugge). Het instrument is in de loop van de 18de eeuw gerenoveerd en uitgebreid door de Brugse orgelmakers Berger. Tussen 1860 en 1865 werd het – in Uitkerke – gerenoveerd door L.B. Hooghuys (Brugge). Ten slotte onderging het in 1953 een ingrijpende modernisering door J. Loncke (Esen). De laatste herstellingswerken dateren van 1987, maar brachten niet veel baat; een adequate restauratie is noodzakelijk.

In het koor staat een klein positief-orgel van 'Loncke Orgelbouw', van circa 1985.