In 1790 was een orgel gebouwd door Lambert-Benoit van Peteghem. Rond 1847 werd het overgeplaatst naar het klooster, waar het nog steeds aanwezig is.

In de kerk werd een nieuw orgel gebouwd door Pierre (jr) van Peteghem, van 1845 tot 1847. Het instrument onderging reeds rond 1867 een renovatie door Louis Benoit Hooghuys. In het interbellum vond een kwalijke verbouwing plaats door Oscar Anneessens. In 1965 werd al het pijpwerk weggenomen door de firma Loncke, die een 6-tal registers verwerkte in een nieuw positieforgel dat beganegronds in de zijbeuk geplaatst werd. Al het overige van het doksaalorgel werd buiten gebruik ter plaatse gelaten.

In 1992 bouwde Jean Bruggeman een nieuw koororgel (in de plaats van het Loncke-positief) en herbruikte opnieuw de 6 Van Peteghem-registers.