Het orgel werd in 1760 gebouwd in de kerk van Wakken; het werk kan vrij zeker toegeschreven worden aan de gebroeders De Rijckere. Orgelmaker Charles-Louis van Houtte bouwde in 1852 een nieuw orgel in Wakken en plaatste het oud orgel over naar Gijzelbrechtegem; daar werd het vervolgens (1865?) door hem gerenoveerd en uitgebreid met een tweede klavier. Bij een luchtbombardement in mei 1940 werden kerk en orgel erg beschadigd. Bij gebrek aan financiële middelen werd het orgel niet hersteld en uiteindelijk in 1971 gedemonteerd; in deze toestand bevindt het zich nog ter plaatse.