Voorgeschiedenis. In 1496 wordt voor het eerst gewag gemaakt van een orgel in Herlbeke; het zou geleverd zijn door Joos (de) Buus (Brugge). In 1654 werd een nieuw orgel gebouwd, waarover alleen bekend is dat het gemaakt werd in Gent door een ingeweken orgelmaker (L. Bis & P. D'Estré uit Rijsel?). In 1773 werd het orgel overgeplaatst naar de nieuwe kerk, aanpassingswerken werden hiertoe uitgevoerd door de gebroeders De Rijckere. In 1791 vond een grote herstelling plaats door L.B. van Peteghem.

Huidig orgel. Het instrument werd gebouwd door Th. Delmotte & Fils in 1908. Van het oude orgel werden herbruikt: het prospect, de windlade van het hoofdwerk, 8 registers. Op 23 mei 1940, bij de dynamitering van de toren, werd het orgel zwaar beschadigd; het werd gedemonteerd en opgeslagen. Een algehele reconstructie (en transformatie) geschiedde in 1948, door Jos. & P. Loncke.

Addendum. In november 2012 werd beganegronds in de kerk een tweedehands-orgel opgesteld; het was in 1865 door Forster & Andrews gebouwd voor de Castlegate Congregational Church te Nottingham (GB). In Harelbeke werd het instrument geplaatst in een nieuwe orgelkast.