Het orgel werd oorspronkelijk gebouwd voor de kerk van Loppem, door A.J. Berger (Brugge), in 1743. In 1848 had Ch.-L. van Houtte (Waregem) aan het orgel gewerkt. Toen in 1868 een aanvang werd gemaakt met de renovatie van de kerk van Loppem, werd het orgel gedemonteerd door L.-B. Hooghuys (Brugge). Hooghuys verkocht vervolgens het instrument aan Jw. Ursula Dinnecourt en plaatste het in de kerk van Heule-Watermolen. Tot 1944 geschiedde onderhoudswerk door O. Anneessens (Kortrijk). Vanaf 1945 waren herstellingen en verder onderhoud toevertrouwd aan J. Anneessens (Menen). In 1965 werd een electro-ventilator geïnstalleerd. In 1980 werd het instrument hard gerenoveerd door "Loncke Orgelbouw" (Zarren), onder advies van J. Marichal (destijds kapelaan in Deerlijk). Op 10 december 1988 woedde een zware brand in de kerk; het orgel werd grotendeels vernield. In 1990 werd het orgel gereconstrueerd door "Loncke Orgelbouw" (Zarren); hierbij konden een gedeelte van het Berger-pijpwerk en enkele elementen van de oude orgelkast herbruikt worden.