In de 18de eeuw was een orgel aanwezig; het werd onderhouden door P.-J. De Rijckere (Kortrijk), onder meer in 1762. Activiteiten in Kooigem zijn vermeld in de werklijst van Th. Delmotte (Doornik) in 1903, en in die van Fr. Joris (Ronse), ergens tussen 1900 en 1911. Het orgel werd vernield in de Eerste Wereldoorlog wanneer in 1918 de toren gedynamiteerd werd.

Huidig orgel. De bouwer van het oorspronkelijke instrument is onbekend; de huidige vorm moet tot stand gekomen zijn op het eind 19de eeuw. Het betreft een occasie-instrument, afkomstig uit de kerk van Bissegem, en hier geplaatst door J. Anneessens (Menen) in 1929. Het bevat een hoeveelheid materiaal die verwijst naar 19de-eeuws werk van Van Peteghem (Gent). Rond 1990 werd het instrument gerenoveerd door Ph. Busschaert (Kortrijk).