Reeds in 1406 was de kapittelkerk in het bezit van een orgel: dit is één van de vroegste vermeldingen van een orgel in Vlaanderen. Daarna volgde nog een gevarieerde geschiedenis.

In 1771 werd een nieuw orgel gebouwd door Pieter van Peteghem, met beeldhouwwerk aan de orgelkasten door Nicolaas Lecreux uit Doornik, n.o.v. Marc Lefebvre. In 1803 kreeg het instrument een revisie door L.-B. van Peteghem; tot 1844 is het wellicht de familie Van Peteghem die het orgel verder onderhield. Vanaf 1844 is Ch.-L. van Houtte verantwoordelijk voor het onderhoud, en in 1865 wordt het opnieuw toevertrouwd aan de Van Peteghem's. In 1891-1892 wordt een totaal nieuw instrument in de oude kasten gebouwd door P. Schyven (Brussel-Elsene). Van 1916 tot 1926 geschiedt het nazicht door O. Anneessens (Kortrijk), in 1926 gaat deze taak over naar zijn broer J. Anneesens (Menen) die in 1930 het instrument volledig pneumatiseerde. Wegens de luchtaanvallen op het einde van WO II werd het pijpwerk gedemonteerd; na de oorlog werd het orgel slechts geleidelijkaan hersteld (in 1959 waren nog maar 6 registers speelbaar). Rond 1997 begon men aan een reconstructie van het Van Peteghem-orgel in de oude kast. Deze werken zijn uitgevoerd door A. Thunus (Butgenbach), o.l.v. orgeldeskundige Gabr. Loncke, maar zijn na de bouw van 1 klavier onvoltooid gebleven.