Er zijn geen aanwijzingen dat er vóór 1907 een orgel aanwezig was. Het huidige orgel was in origine een werk van Pieter Hubertus Anneessens (Ninove), in 1864 gebouwd voor de kerk van Houdeng-Goegnies (provincie Henegouwen); het werd in 1907 door Frans Loncke (Esen) overgeplaatst naar Sint-Katharina-Kapelle. De overplaatsing ging gepaard met een aantal wijzigingen aan het instrument. In het interbellum waren onderhoud en herstellingen toevertrouwd aan Jules Anneessens (Menen). In september 1944 werden de kerktoren (en het orgel) beschadigd door oorlogsgeweld. In 1945 herstelde Jules Anneessens enkel het hoogstnoodzakelijke. Het instrument werd ingrijpend gerenoveerd door de firma Loncke Orgelbouw pvba (Zarren), in 1982.