Wat betreft orgels heeft deze kerk een kleurrijke voorgeschiedenis. Uit de kerkrekening van 1459-1460 blijkt dat er toen reeds een orgel aanwezig was. Een orgel werd alleszins vernield in de beeldenstorm van 1566. In de periode 1610-1623 zijn er diverse werken gesignaleerd (nieuw orgel en bijwerken) door Nicolas le Royer (Namen); er werd tevens een nieuwe orgelkast gemaakt, deze werd ook gepolychromeerd. In 1727-1728 werd een groot nieuw orgel geleverd door Mathieu Le Roy (Rijsel), op het West-doksaal. Dit orgel werd, samen met de kerk, zwaar beschadigd door Franse revolutionaire troepen in 1793. In 1820 zou weer een nieuw orgel geplaatst geweest zijn; de naam van de bouwer is in de bestaande literatuur niet vermeld.
Huidig instrument
In 1859 werd door L.-B. Hooghuys (Brugge) een nieuw orgel gebouwd. Het is niet meer vast te stellen of Hooghuys elementen van een vorig orgel (1820) hergebruikt heeft. In 1892 werd het instrument gerenoveerd door Ch. Anneessens (Menen). In 1923 vond een revisie plaats door J. Anneessens (Menen). In 1940 werd aan deze bouwer de betreurenswaardige opdracht gegeven om het orgel in twee delen te splitsen. Het huidige orgel is te beschouwen als een werk van J. Anneessens, met recuperatie van resten van het Hooghuys-orgel (hoofdzakelijk pijpwerk) en van materiaal van het Ch. Anneessens-orgel.