A. Orgel in de kerk
In de 17de eeuw was een orgel aanwezig (er wordt een organist vermeld). In 1734 werd een orgel gebouwd door C. Cacheux (Arras).
NOTA: in 1854 plaatste de Waregemse orgelmaker L. Van Houtte een orgel in de kerk van Deerlijk-Sint-Lodewijk; volgens sommigen was dit het Cacheux-orgel uit Waregem; er zijn echter geen aanwijzingen als zou er rond 1854 een nieuw orgel gebouwd zijn in Waregem.
In 1887 werkte Pieter Loncke (Hoogstade) in Waregem. In 1904 herstelde Th. Delmotte (Doornik) de blaasbalg.
Huidig instrument
De bouwer van het oorspronkelijk orgel is S. Van Bever (Laken), in 1905. Na schade opgelopen tijdens WO I werd het instrument hersteld, door Th. Boeckx (Etterbeek). In 1990 werd het orgel totaal omgebouwd door de firma Thomas (Francorchamps-Ster), met recuperatie van het oude pijpwerk.
B. Orgel in de weekkapel
Klein kistorgel, gebouwd door de firma Loncke (Zarren), in 1972.