Voorgeschiedenis
Reeds in 1599 werd een orgel geplaatst; vermoedelijk was het een werk van H. Snoeck aangezien hij en zijn zoon Ph. Snoeck het instrument verder onderhielden. Mogelijks was dit slechts een klein positieforgeltje, aangezien het in 1666 naar het kasteel van Helkijn "gedragen" werd. Nicolas Dasny, een Doornikse priester, voerde een herstelling uit in 1649. In 1710 en 1715 werden herstellingen uitgevoerd door orgelmaker "Freniot" (men mag aannemen dat het gaat om Pierre Frémat of diens zoon Jean-Baptiste, uit Rijsel).
Huidig instrument
In 1775, als gevolg van de sluiting der jezuïetenkloosters, werd een orgel (of alleen de orgelkast?) van de Kortrijkse jezuïeten overgeplaatst naar Sint-Denijs. Auteur en bouwjaar oorspronkelijk orgel: onbekend; eind 17de eeuw.
In 1818 werd een orgel (volledig nieuw?) in deze kast gebouwd door P.-J. de Volder (Gent). Misschien heeft Ch.-L. van Houtte (Vichte), die in 1841 een klein orgel leverde in het klooster van Sint-Denijs, ook in de parochiekerk gewerkt (onderhoudswerk?).
Over de verdere geschiedenis is nagenoeg niets bekend, behalve dat P. Loncke (Hoogstade) renovatiewerken uitvoerde, ergens tussen 1865 en 1889. Jos. Loncke leverde in 1932 - nog steeds met behoud van de oude orgelkast - een instrument dat hij in zijn werklijst als "nieuw" aanduidt, maar dat niettemin nog een hoeveelheid ouder pijpwerk bevat. Bij gelegenheid van deze werken werd ook een elektro-ventilator geplaatst. Onderhoudswerk verricht in 1993, door J. Bruggeman (Marke).