Waar de werken dieper dan 30 cm onder het maaiveld zouden reiken was een archeoloog aanwezig om archeologische waarden die geraakt zouden worden zo gedetailleerd mogelijk te registreren. De archeologische werfbegeleiding is gericht op een behoud in situ van de archeologisch relevante niveau(s), voor zover dit mogelijk is.
De locatie van het muurwerk van de citadel was voorafgaande aan de werfbegeleiding reeds grotendeels gekend door eerder archeologisch vooronderzoek. Op basis van historische kennis en het voorgaand onderzoek met ingreep in de bodem kon een contour van de resterende structuren worden geprojecteerd op de huidige situatie. Deze contour vormde een leidraad bij het uitvoeren van de werfbegeleiding. Daar waar vermoed werd dat muurwerk werd gekruist bij de graafwerken en geraakt zou kunnen worden, werden de werken begeleid. Op deze locaties werden telkens boringen uitgevoerd om na te gaan wat de relatieve diepte was van het muurwerk tegenover de aangelegde sleuven. Slechts op een enkele plek, ten noorden van het museum, werd daadwerkelijk muurwerk geattesteerd en geraakt bij de graafwerken. Het ging om een stuk van de lage teruggetrokken flank die eerder in 2016 reeds kon worden onderzocht. Het stuk muurwerk kon meteen weer worden afgedekt en werd niet beschadigd bij de werkzaamheden.