Het archeologisch onderzoek werd gefaseerd uitgevoerd tussen mei 2016 en het voorjaar van 2018 en afgestemd op de voortgang van de sloop- en bouwwerken. Het terrein werd onderzocht door middel van verschillende werkputten, waarbij archeologische vlakken machinaal werden aangelegd en sporen en structuren vervolgens werden geregistreerd, gecoupeerd en waar nodig manueel verder onderzocht.

De eerste fase (09/05/2016–14/10/2016) omvatte het grootste deel van het vlakdekkende onderzoek. Door plaatsgebrek, grondafvoer, een hoge grondwaterstand en uitzonderlijke wateroverlast diende de onderzoeksstrategie meermaals te worden aangepast. Aanvankelijk werden dompelpompen ingezet; later werd lokale bemaling geplaatst en tussen de verschillende onderzoekszones verplaatst. Diepere structuren, waaronder grachten, water- en tonputten en een structuur met houten beschoeiing, werden gericht verdiept en onderzocht. In de zuidoostelijke zone werd tevens een postmiddeleeuws grafveld aangesneden, waarna tijdelijk de nadruk op het vrijleggen en registreren van de begravingen kwam te liggen. Van de houten structuren werd een selectie bemonsterd voor dendrochronologisch onderzoek. Bijzondere vondsten, waaronder een intact karrenwiel uit een laatmiddeleeuwse tonput, werden voor conservering geborgen.

In een tweede fase werden in november 2017 en februari 2018 werkputten 11 en 12 onderzocht. Ondanks aanhoudende wateroverlast werden tussen recente verstoringen bijkomende archeologische sporen geregistreerd, waaronder paalkuilen en tonputten. De verdere afwerking van enkele diepe structuren werd afgestemd op de aanleg van de damwand.

In het voorjaar van 2018 volgde een derde fase met het onderzoek van werkput 13 na de afbraak van de elektriciteitscabine aan de Sint-Margrietstraat. De voorziene zone ter hoogte van het Vaardeken kon door technische en bouwkundige omstandigheden niet archeologisch worden onderzocht.